Ακόμα πιο δύσκολη γίνεται η επίτευξη συμφωνίας με την Αλβανία για την οριοθέτηση της ΑΟΖ, μετά την απόφαση της Εισαγγελίας των Τιράνων να ξεκινήσει έρευνα για τα πρόσωπα που έπαιξαν ρόλο στην οριοθέτηση των θαλασσίων ζωνών με την Ελλάδα τον Απρίλιο του 2009 και με απώτερο στόχο την άσκηση ποινικών διώξεων με την κατηγορία της υπονόμευσης της ακεραιότητας της χώρας. Μάλιστα, η ίδια η Εισαγγελία των Τιράνων διέρρευσε στα αλβανικά ΜΜΕ πληροφορίες περί σοβαρών ενδείξεων που θέλουν τη συμφωνία οριοθέτησης του 2009 να βλάπτει σοβαρά τα συμφέροντα της Αλβανίας.
Οπως είναι γνωστό, το 2009 η Αθήνα και τα Τίρανα κατέληξαν σε συμφωνία για την οριοθέτηση της ΑΟΖ, που δεν εφαρμόστηκε όμως ποτέ, καθώς ακυρώθηκε από το συνταγματικό δικαστήριο της Αλβανίας έπειτα από προσφυγή του τότε αρχηγού της αντιπολίτευσης και σημερινού πρωθυπουργού Εντι Ράμα. Διπλωματικές πηγές στην Αθήνα, που επιβεβαιώνουν ότι δρομολογήθηκε η έρευνα, παραδέχονται ότι αυτή η εξέλιξη δυσχεραίνει σε μεγάλο βαθμό μια νέα συμφωνία για την οριοθέτηση της ΑΟΖ, καθώς την υπονομεύει εκ των προτέρων στην αλβανική κοινή γνώμη. Η υπόθεση είναι εξαιρετικά φορτισμένη πολιτικά, και τυπικά βαλκανική, αφού η έρευνα και οι ενδεχόμενες διώξεις έχουν σαφή πολιτικό στόχο. Στο επίκεντρο της υπόθεσης βρίσκεται ο σημαντικότερος πολιτικός αντίπαλος του κ. Ράμα, ο αρχηγός της αξιωματικής αντιπολίτευσης Λουζλίμ Μπάσα, που ήταν το 2009 υπουργός Εξωτερικών της Αλβανίας και συνυπέγραψε με την τότε ΥΠΕΞ Ντόρα Μπακογιάννη τη συμφωνία οριοθέτησης.
Στο πλαίσιο αυτό, δεν είναι καθόλου τυχαίο ότι η διαδικασία για τη διενέργεια έρευνας και την άσκηση ποινικών διώξεων ξεκίνησε ύστερα από πίεση του σημερινού ΥΠΕΞ Ντιμτάρ Μπουσάτι.
Τον Μάιο του 2014, ο κ. Μπουσάτι κάλεσε δημόσια την Εισαγγελία των Τιράνων να ασκήσει έρευνα για την υπογραφή της συμφωνίας το 2009. Μιλώντας στην Επιτροπή Εξωτερικών Υποθέσεων της αλβανικής Βουλής, ο κ. Μπουσάτι είχε δηλώσει ότι έχουν βρεθεί παραβιάσεις του νόμου κατά τη διάρκεια των διαπραγματεύσεων με την ελληνική πλευρά το 2009 και πρόσθεσε ότι η Εισαγγελία μπορεί να διερευνήσει κατά πόσο ή όχι παραβιάσθηκε το άρθρο 210 του Ποινικού Κώδικα, το οποίο προβλέπει ποινή φυλάκισης από 5 ώς 10 έτη για «συμφωνίες με ξένες χώρες για την εν μέρει ή πλήρη παράδοση εδαφών». Στη συνέχεια αυτών των δηλώσεων, το αλβανικό ΥΠΕΞ διαβίβασε στην Εισαγγελία όλο το σχετικό υλικό. Αξίζει να σημειωθεί ότι λίγες μέρες αργότερα, η Αλβανία έλαβε το καθεστώς υποψήφιας προς ένταξη χώρας από την Ε.Ε.
Με αφορμή και τις τελευταίες εξελίξεις, διπλωματικές πηγές στην Αθήνα κάνουν λόγο για συνεχή επιδείνωση των ελληνοαλβανικών σχέσεων. Υπενθυμίζεται ότι πριν από δύο εβδομάδες η αλβανική κυβέρνηση προχώρησε σε μια μεταρρύθμιση της τοπικής αυτοδιοίκησης που περιορίζει τα δικαιώματα και την εκπροσώπηση της μειονότητας, κάτι που προκάλεσε την έντονη αντίδραση της Αθήνας.