Προετοιμασίες για την αντιμετώπιση μιας μακροχρόνιας κρίσης που θα έχει πολλές μεταπτώσεις κάνει ήδη η ελληνική κυβέρνηση, καθώς στο Μέγαρο Μαξίμου επικρατεί η βεβαιότητα ότι οι ελληνοτουρκικές σχέσεις θα δοκιμαστούν σε πολλά επίπεδα μετά το αποτυχημένο πραξικόπημα. Οπως ομολογούν συνεργάτες του κ. Τσίπρα, ήταν η πρώτη φορά που ο πρωθυπουργός αντιμετώπισε τέτοιου είδους κρίση και μέσα από τη διαχείρισή της διαπιστώθηκαν και κενά, τα οποία θα καλυφθούν στην πορεία με πρωτοβουλίες του πρωθυπουργού. Η κυβέρνηση βρίσκεται σε διαρκή επικοινωνία με το ΝΑΤΟ και την Ε.Ε., ενώ η κατάσταση στην Τουρκία θα συζητηθεί την 1η Αυγούστου στη Σόφια στο πλαίσιο της συνάντησης των ηγετών της Βαλκανικής.
Ηδη, η πτήση του τουρκικού ελικοπτέρου προς την ελληνική επικράτεια ήταν μια δύσκολη υπόθεση. Ηταν 5 το πρωί του Σαββάτου, 16 Ιουλίου, όταν ο πρωθυπουργός ενημερώθηκε από τους υπουργούς Αμυνας και Μεταφορών ότι τουρκικό ελικόπτερο ζητούσε να προσγειωθεί στην Αλεξανδρούπολη. Ο κ. Τσίπρας έδωσε εντολή να γίνουν οι προβλεπόμενες ενέργειες και ζήτησε από τον αναπλ. υπουργό Προστασίας του Πολίτη Νίκο Τόσκα να συλληφθούν οι επιβαίνοντες. Στην αντιμετώπιση του προβλήματος ενεπλάκησαν και υπηρεσιακοί παράγοντες του υπουργείου Εξωτερικών και έγιναν παρασκηνιακές συνομιλίες με εισαγγελείς και νομικούς.
Κατόπιν εντολής του πρωθυπουργού, ο κ. Κοτζιάς επικοινώνησε με τον Τούρκο ομόλογό του Μ. Τσαβούσογλου, με τον τελευταίο να δηλώνει αμέσως μετά δημόσια ότι έλαβε τη διαβεβαίωση ότι οι οκτώ Τούρκοι αξιωματικοί θα εκδοθούν στην Τουρκία, κάτι που έκανε και ο Ερντογάν. Η κυβέρνηση αντέδρασε και τελικά υιοθετήθηκε η στάση ότι η Δικαιοσύνη είναι αυτή που θα αποφασίσει, σε συνδυασμό με την αξιολόγηση των πληροφοριών ότι οι επιβαίνοντες στο ελικόπτερο ήταν πραξικοπηματίες. Ωστόσο, σύμφωνα με άριστα ενημερωμένες πηγές, στην αρχή η τουρκική πολιτική ηγεσία δεν είχε ιδέα περί τίνος επρόκειτο, ούτε ότι επρόκειτο για αξιωματικούς ούτε ποιοι ήταν, προφανώς λόγω της κατάστασης που επικρατούσε στη χώρα. Αυτό που κυριάρχησε στην Αγκυρα ήταν ότι ο κ. Τσαβούσογλου είπε στον Ελληνα ομόλογό του ότι η παροχή ασύλου θα έστελνε μήνυμα σε όλους τους πραξικοπηματίες να έρθουν στην Ελλάδα.
Στη συνέχεια, ο πρωθυπουργός είπε στον ομόλογό του κ. Γιλντιρίμ ότι το τουρκικό αίτημα για έκδοση των «οκτώ» είναι εύλογο, ωστόσο, η έκδοση ή μη συνδέεται σε κάθε περίπτωση με τις εγγυήσεις ότι αυτοί δεν θα βασανιστούν και ότι δεν θα αντιμετωπίσουν την ποινή του θανάτου. Συναγερμός σήμανε στο Μέγαρο Μαξίμου και την Τετάρτη 20 Ιουλίου όταν ο κ. Καμμένος ενημέρωσε τον πρωθυπουργό για τις πληροφορίες σχετικά με ενστόλους που επιχειρούσαν να περάσουν στην Ελλάδα. Υπήρξε αμέσως υψηλού επιπέδου κινητοποίηση, ενώ στο ΓΕΕΘΑ πραγματοποιήθηκε σύσκεψη για την διαχείριση της κατάστασης, όχι μόνο για την ημέρα εκείνη, αλλά πλέον σε μακροχρόνια βάση. Διπλωματικές πηγές επισημαίνουν ότι υπάρχουν κίνδυνοι πρόκλησης επεισοδίων στη θάλασσα ή στον εναέριο χώρο από οπαδούς των πραξικοπηματιών που θα επιδιώξουν να μεταφέρουν την κρίση στο Αιγαίο.
Τέλος, μια ακόμη παράμετρος, ιδιαίτερα σοβαρή μάλιστα, είναι ότι όσο συνεχίζεται το πογκρόμ στην Τουρκία, είναι πολύ πιθανό Τούρκοι διπλωμάτες και στρατιωτικοί, παράγοντες της οικονομικής ελίτ, αστοί και απλοί επιχειρηματίες, κεμαλιστές, απλώς κοσμικοί, γκιουλενιστές ή απλοί πολίτες, να επιχειρήσουν να περάσουν στην Ελλάδα το αμέσως επόμενο διάστημα, ενώ το κλίμα ανησυχίας για τις ελληνοτουρκικές σχέσεις είναι εμφανές στο Μέγαρο Μαξίμου.