Αλλαγή της νομικής μορφής των νοσοκομείων του ΕΣΥ με μετατροπή τους σε Νομικά Πρόσωπα Ιδιωτικού Δικαίου μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα, συγχωνεύσεις μονάδων, τακτική αξιολόγηση του ιατρικού προσωπικού καθώς και πρόσβαση των ελευθεροεπαγγελματιών ιατρών στα δημόσια νοσοκομεία, ώστε να νοσηλεύουν ασθενείς που παρακολουθούν, προβλέπει η πρόταση του Πανελλήνιου Ιατρικού Συλλόγου για την αναδιοργάνωση της νοσοκομειακής περίθαλψης της χώρας μας. Με τη διαπίστωση ότι το ΕΣΥ στη σημερινή μορφή του έχει κλείσει τον κύκλο του, η ειδική ομάδα Εργασίας του ΠΙΣ συνέταξε πόρισμα με τις προτάσεις της για ριζικές αλλαγές στο ΕΣΥ, και οι οποίες σύμφωνα με τον πρόεδρο Αθανάσιο Εξαδάκτυλο και τον γ.γ. του συλλόγου Γιώργο Ελευθερίου, έχουν ως βασική αρχή την «πραγματική και όχι τύποις δωρεάν πρόσβαση των πολιτών σε υψηλού επιπέδου υπηρεσίες υγείας». Εφεραν δε ως παράδειγμα – πρότυπο, το νοσοκομείο Παπαγεωργίου στη Θεσσαλονίκη, ένα ΝΠΙΔ με κρατική επιχορήγηση και ευέλικτη διοίκηση.
Ειδικότερα, στην πρόταση αναφέρεται η μετατροπή της νομικής μορφής των νοσοκομείων από ΝΠΔΔ που είναι σήμερα σε ΝΠΙΔ μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα, και τη δημιουργία ενός νέου δημόσιου οργανισμού με την ονομασία «ΕΣΥ ΝΠΔΔ», στον οποίο αυτά θα υπάγονται. Σε κάθε περίπτωση, τονίζεται ότι θα πρέπει να διασφαλιστούν τα εργασιακά δικαιώματα των ήδη υπηρετούντων εργαζομένων στα νοσοκομεία. Επίσης προτείνεται μόνιμη διαδικασία περιοδικής αξιολόγησης των γιατρών και λοιπού προσωπικού των νοσοκομείων, κίνητρα για αύξηση της παραγωγικότητας του προσωπικού, καθώς και δυνατότητα σε ιδιώτες γιατρούς να χρησιμοποιούν τις δομές των νοσοκομείων προκειμένου να περιθάλψουν ασθενείς τους, με οικονομικό κέρδος για το νοσοκομείο. Σε αυτό το πλαίσιο, τα δημόσια νοσοκομεία θα συνάψουν συμβάσεις με ιδιωτικές ασφαλιστικές εταιρείες Ελλάδας και εξωτερικού, ενώ θα επεκταθεί και ο θεσμός της ολοήμερης λειτουργίας των νοσοκομείων σε διαγνωστικές, επεμβατικές πράξεις και χειρουργεία. Ο ΠΙΣ προτείνει αλλαγές στο δίκτυο νοσοκομειακής περίθαλψης με συνενώσεις τμημάτων, μονάδων και εργαστηρίων εντός του ίδιου νοσοκομείου, συγχωνεύσεις νοσοκομείων και ανακατανομή του προσωπικού. Τέλος, συστήνει την υιοθέτηση του ετήσιου κλινικού προϋπολογισμού ανά τμήμα, την ευθύνη διαχείρισης του οποίου θα αναλαμβάνει ο διευθυντής του εκάστου τμήματος.
Πλήρη αντίθεση στις προτάσεις του ΠΙΣ εξέφρασαν η Ενωση Ιατρών Νοσοκομείων Αθηνών Πειραιώς, η παράταξη του ΠΙΣ «Μέτωπο» (πρόσκειται στον ΣΥΡΙΖΑ) και η ΑΡΣΙ (πρόσκειται στον ΑΝΤΑΡΣΥΑ) που κάνουν λόγο για ιδιωτικοποίηση του ΕΣΥ. Οπως αναφέρει η ΕΙΝΑΠ, θέσεις όπως να αναδιαμορφωθούν οι εργασιακές σχέσεις, να εξεταστεί η απασχόληση ιδιωτών γιατρών στο ΕΣΥ και να αλλάξει ο χαρακτήρας των δημόσιων νοσοκομείων σε ΝΠΙΔ, «αποτελούν κόκκινο πανί για το σύνολο των μαχόμενων νοσοκομειακών γιατρών».