Θρεπτικό, νόστιμο και υγιεινό το μέλι, ωστόσο είναι πιθανό να περιέχει βαρέα μέταλλα αν οι κυψέλες βρίσκονται κοντά σε εθνικούς δρόμους ή σε εργοστάσια. Πάντως η ποσότητα των υπολειμμάτων των ρύπων που καταλήγουν στο μέλι είναι συνήθως πολύ μικρή, εφόσον οι ίδιες οι μέλισσες δεν αντέχουν στη ρύπανση και πεθαίνουν. Επίσης, αντίθετα με ό,τι πιστεύουμε, η κρυστάλλωση του μελιού δεν έχει σχέση με την ποιότητά του.
Οι μέλισσες θα μπορούσαν να χρησιμεύσουν σαν δείκτες για την περιβαλλοντική ρύπανση μιας περιοχής, καθώς είναι ιδιαίτερα ευαίσθητες. Οπως τονίζει στην «K» ο κ. Ελευθέριος Αλυσανδράκης, γεωπόνος, που έχει εκπονήσει ανάλογη εργασία, «οι αυξημένες ποσότητες βαρέων μετάλλων έχουν αντίκτυπο στις φυσιολογικές λειτουργίες ενός μελισσιού. Το όζον επίσης επηρεάζει το νευρικό σύστημα των μελισσών και προκαλεί απώλεια της όρεξης». Οι μέλισσες επίσης δεν «αντέχουν» και τα εντομοκτόνα. Σύμφωνα με τον κ. Πασχάλη Χαριζάνη, αναπληρωτή καθηγητή Μελισσοκομίας στο Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών, «όταν ο χώρος είναι ψεκασμένος η μέλισσα πεθαίνει στο χωράφι».
Ωστόσο, τα ραδιονουκλεΐδια (ραδιενεργοί ρύποι), τα βαρέα μέταλλα και τα ιχνοστοιχεία είναι ρύποι που μπορεί να καταλήξουν με διάφορους τρόπους στο μέλι. Σε μελέτη που έγινε στις ΗΠΑ βρέθηκε ότι η περιεκτικότητα σε μόλυβδο στις μέλισσες που επισκέπτονταν φυτά δίπλα σε έναν αυτοκινητόδρομο ήταν 20 φορές μεγαλύτερη απ’ ό,τι σε μέλισσες που επισκέπτονταν φυτά σε απόσταση 850 μέτρων από αυτόν. H ποσότητα των ρύπων που τελικά καταλήγουν στο μέλι είναι πολύ μικρότερη σε σχέση με τα υπόλοιπα προϊόντα της κυψέλης. Αντίθετα, περισσότερους ρύπους έχει η γύρη, εφόσον βρίσκεται για μεγαλύτερο χρονικό διάστημα εκτεθειμένη στη μολυσμένη ατμόσφαιρα.
Πάντως, τα μέλια που είναι θρεπτικότερα, έχουν και περισσότερες πιθανότητες να περιέχουν ρύπους. «Τα μέλια που προέρχονται από κωνοφόρα δένδρα όπως το πευκόμελο, το μέλι καστανιάς ή ελάτης είναι θρεπτικότερα ίσως επειδή τα δέντρα αυτά έχουν βαθύτερο ριζικό σύστημα και απορροφούν περισσότερα συστατικά» εξηγεί ο κ. Αλυσανδράκης. Ομως για το ίδιο λόγο τα δένδρα «συλλέγουν» και περισσότερους ρύπους. Επίσης, το πευκόμελο παράγεται από τα μελιτώματα (το ρετσίνι) που εκκρίνει το πεύκο, που μένει εκτεθειμένο για μεγάλο χρονικό διάστημα στην ατμόσφαιρα. Θρεπτικότερο μέλι είναι αυτό που προέρχεται από μέλισσες που έχουν «βοσκήσει» σε καστανιές ή ρείκι, αλλά έχει έντονη και λιγότερο ευχάριστη γεύση και γι’ αυτό δεν είναι ιδιαίτερα δημοφιλές.
Αντίθετα πρώτο στις προτιμήσεις των καταναλωτών είναι το θυμαρήσιο μέλι. Μόνο το 10% του μελιού που παράγεται μπορεί να ονομαστεί «θυμαρήσιο».
Αν και πολλοί θεωρούν ότι η κρυστάλλωση του μελιού είναι απόδειξη νοθείας, στην πραγματικότητα πρόκειται για φυσική ιδιότητα που έχει σχέση με την προέλευσή του. Ετσι το μέλι πορτοκαλιάς κρυσταλλώνει γρήγορα, το θυμαρήσιο σε περίπου 9 μήνες, ενώ το πευκόμελο ή το μέλι ελάτης χρειάζεται να περάσουν χρόνια για να «πήξει». Πάντως, το μέλι, εφόσον είναι αποθηκευμένο σε μέρος όπου δεν υπάρχει φως και υγρασία και σε θερμοκρασία κάτω των 10 βαθμών Κελσίου, μπορεί να διατηρηθεί επί μακρόν.