Την αλλαγή του θεσμικού πλαισίου για τα μεταπτυχιακά προγράμματα προωθεί το υπουργείο Παιδείας σε συνεργασία με το υπουργείο Ανάπτυξης, ώστε να καταστεί δυνατή η καλύτερη αξιοποίηση των διαθέσιμων ευρωπαϊκών και εθνικών κονδυλίων, με βάση τις ερευνητικές προτεραιότητες της χώρας.
Πάντως, η μεταβατική περίοδος έως ότου διαμορφωθεί το νέο θεσμικό πλαίσιο σε συνδυασμό με την ολοκλήρωση της διασφαλισμένης ευρωπαϊκής χρηματοδότησης, ήδη από το καλοκαίρι του 2004, έχει οδηγήσει πολλά μεταπτυχιακά προγράμματα των AEI της χώρας σε καθεστώς εκκρεμότητας, καθώς αναζητούνται εναλλακτικοί τρόποι για την κάλυψη του κόστους τους.