Για αμέλεια διώκονται πειθαρχικά οι δύο ελεγκτές εναέριας κυκλοφορίας που είχαν βάρδια το πρωί της 14ης Αυγούστου στον Πύργο Ελέγχου Αθηνών, σύμφωνα με το πόρισμα της ΕΔΕ που παραδόθηκε προχθές στον διοικητή της ΥΠΑ κ. Δ. Σταμάτη. Οι ευθύνες των ελεγκτών είναι διοικητικές και όχι ποινικές, δεδομένου ότι η αμέλεια που τους καταλογίζεται δεν συνέβαλε στη μοιραία κατάληξη του αεροσκάφους της Helios. Στους δύο ελεγκτές καταλογίζεται μόνο η παράλειψη της φωνητικής αναγνώρισης με το αεροσκάφος, καθώς αρκέστηκαν στην οπτική και μηχανική ταυτοποίησή του κατά παράβαση των κανονισμών. Στην ουσία η ευθύνη τους περιορίζεται στην απώλεια μόλις δώδεκα λεπτών (από τις 10.00 έως τις 10.12΄) φάση κατά την οποία θα έπρεπε να έχει κηρυχθεί το μοιραίο Boeing 737-300 της Helios σε «κατάσταση ανησυχίας και αβεβαιότητας». Κάτι τέτοιο δεν έγινε καθώς το αεροσκάφος άρχισε να καλείται από τις 10.12΄ και μετά για να διαπιστωθεί, δέκα λεπτά αργότερα, και η παρέκκλιση από την πορεία του (πάνω από την Κέα) και η απώλεια επικοινωνίας.
Ο υπουργός Μεταφορών M. Λιάπης παρέπεμψε το πόρισμα στο Πειθαρχικό Συμβούλιο της ΥΠΑ, που θα συγκληθεί την προσεχή εβδομάδα, για να επιβάλει ποινές που κυμαίνονται από επίπληξη μέχρι τρίμηνη διαθεσιμότητα στους δύο υπαλλήλους. Το πόρισμα από πολλούς κρίνεται «συγκαταβατικό», πλην όμως βασισμένο σε επιχειρηματολογία που συνάδει με τους κανονισμούς και που παραπέμπει πρωτίστως σε ολιγωρία ή υποεκτίμηση του συμβάντος από τον Πύργο Ελέγχου της Λάρνακας.