Τη διακοπή των εργασιών κατασκευής του υπέργειου προαστιακού σιδηροδρόμου, από Πειραιά έως τις Τρεις Γέφυρες, στο τμήμα που διέρχεται από τα όρια του Δήμου Αθηναίων, διέταξε η Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας. Το Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο έκρινε ότι εξέταση των εναλλακτικών λύσεων για την πραγματοποίηση του έργου ήταν πλημμελής και κατά συνέπεια δεν έπρεπε να εγκριθούν οι περιβαλλοντικοί του όροι.
Ειδικότερα, η Ολομέλεια απεφάνθη πως ο αποκλεισμός της εναλλακτικής λύσης της υπογειοποίησης της σιδηροδρομικής γραμμής στην περιοχή των Σεπολίων δεν αιτιολογήθηκε επαρκώς. Οι «οικονομικοί και τεχνικοί» λόγοι που επικαλείται η πολιτεία δεν συνιστούν, σύμφωνα με το Σύνταγμα, επαρκή δικαιολογία, ιδιαίτερα σήμερα που το έργο δεν πραγματοποιείται με τον χαρακτήρα του επείγοντος λόγω της διεξαγωγής των Ολυμπιακών Αγώνων. Οπως τονίζει στην απόφασή της η Ολομέλεια του ΣτΕ, οι ισχυρισμοί της πολιτείας ότι πρόκειται για έργο «μεσοπρόθεσμης στόχευσης που καλύπτει τις ανάγκες βελτίωσης και εκσυγχρονισμού συγκεκριμένου τμήματος του σιδηροδρομικού δικτύου ώς το 2015», δεν μπορούν να δικαιολογήσουν το γεγονός ότι δεν εξετάστηκαν ενδελεχώς εναλλακτικοί τρόποι κατασκευής του.
Στο ΣτΕ είχαν προσφύγει ο δημοτικός σύμβουλος του Δήμου Αθηναίων κ. Σπύρος Χαλβατζής, καθώς και κάτοικοι των Σεπολίων, οι οποίοι ζητούσαν να κριθεί παράνομη και αντισυνταγματική η υπουργική απόφαση του 2004 με την οποία εγκρίθηκαν οι περιβαλλοντικοί όροι του έργου. Η μελέτη για την κατασκευή του προαστιακού σιδηροδρόμου από τον Πειραιά έως τις Τρεις Γέφυρες είχε εκπονηθεί από τη θυγατρική εταιρεία του ΟΣΕ, ΕΡΓΑ-ΟΣΕ, ενώ την κατασκευή του είχε αναλάβει η κοινοπραξία «SΙΕΜΕΝS-ΑΚΤΩΡ-ΤΕΡΝΑ».
Υπενθυμίζεται ότι κατά της απόφασης έγκρισης περιβαλλοντικών όρων για το συγκεκριμένο τμήμα είχε προσφύγει στο ΣτΕ το 2002 και ο τότε δήμαρχος Αθηναίων κ. Δ. Αβραμόπουλος, ο οποίος είχε δικαιωθεί. Μετά την κατακύρωση του έργου στην «SΙΕΜΕΝS-ΑΚΤΩΡ-ΤΕΡΝΑ», το 2004, στο Συμβούλιο της Επικρατείας προσέφυγε και η τότε δήμαρχος Αθηναίων κ. Ντόρα Μπακογιάννη, με το σκεπτικό ότι δεν είχαν εξεταστεί εναλλακτικές λύσεις κατασκευής του έργου, όπως η υπογειοποίηση τμήματος της χάραξης.
Κάτοικοι των Δήμων Μενιδίου, Αγίων Αναργύρων και Σεπολίων έχουν επίσης προσφύγει στο ΣτΕ με το αίτημα της υπογειοποίησης και για το τμήμα του Προαστιακού από το Σιδηροδρομικό Κέντρο Αθηνών έως τις Τρεις Γέφυρες.