Στις αρχές της δεκαετίας του ’90 τίθεται για πρώτη φορά από κυβερνητικούς κύκλους το ενδεχόμενο ιδιωτικοποίησης της τότε Ολυμπιακής Αεροπορίας. Τα πρώτα ελλείμματα στους ισολογισμούς της εταιρείας είχαν αρχίσει να εμφανίζονται από το 1977, και 13 χρόνια αργότερα έχουν πλέον διογκωθεί σημαντικά. Το 1993 εξετάζεται για πρώτη φορά η παροχή «πακέτου βοήθειας», ύψους 432 δισ. δρχ., το οποίο προβλέπει τη διαγραφή χρεών 326 δισ. δρχ., μετατροπή τους σε ομόλογα, αύξηση του μετοχικού κεφαλαίου κατά 27 δισ. δρχ. και χορήγηση δανείου 79 δισ. δρχ. Το πρώτο αυτό σχέδιο εξυγίανσης του εθνικού αερομεταφορέα υποβάλλει η ελληνική κυβέρνηση στην τότε ΕΟΚ το 1994, οπότε και εγκρίνεται. Η τύχη του ωστόσο είναι περιορισμένη, καθώς το 1998 κηρύσσεται αποτυχημένο, ενώ παράλληλα δεν προχωρά καμία από τις απόπειρες πώλησης του Ομίλου.
Τον Ιούλιο του 1998 η Ευρωπαϊκή Επιτροπή εγκρίνει δεύτερο σχέδιο εξυγίανσης της Ολυμπιακής, με το οποίο παρέχονται στην εταιρεία 35 δισ. δρχ. Το 1999, ύστερα από διεξαγωγή διαγωνισμού, η Speedwings, θυγατρική της British Airways, αναλαμβάνει το μάνατζμεντ της εταιρείας με την προοπτική να εξελιχθεί σε στρατηγικό επενδυτή. Μόλις ένα χρόνο μετά οι Βρετανοί ανακοινώνουν ότι αποσύρουν το ενδιαφέρον απόκτησης ποσοστού της εταιρείας.
Οι μνηστήρες
Το 2000 κηρύσσεται και ο πρώτος διαγωνισμός, με την εταιρεία συμβούλων Credit Suisse First Boston να ανακοινώνει τον Δεκέμβριο τη λίστα των ενδιαφερομένων επενδυτών (Κυπριακές Αερογραμμές, Axon, Airlines, η Venture Capital Integrated Airlines Solution και ο Ομιλος Ρέστη).
Ο διαγωνισμός κηρύσσεται άγονος το 2002 οπότε και αλλάζουν οι σύμβουλοι ιδιωτικοποίησης προκειμένου να προχωρήσουν σε επόμενη προσπάθεια. Ο επόμενος διαγωνισμός, στον οποίο συμμετέχουν η Golden Aviation του Ομίλου Ρέστη και η Aegean Airlines, κηρύσσεται άγονος το 2003.
Λίγο καιρό νωρίτερα ξεκινάει από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή η διαδικασία έρευνας κατά της Ολυμπιακής, η οποία αρχίζει επισήμως στις 6 Μαρτίου 2002.
Τον χειμώνα του 2003 δρομολογείται ο μετασχηματισμός του Ομίλου με τη δημιουργία των Ολυμπιακών Αερογραμμών, που διατηρούν το πτητικό κομμάτι της παλαιάς Αεροπορίας, της Αεροπλοΐας και των Μακεδονικών Αερογραμμών, ενώ η τεχνική βάση, η επίγεια εξυπηρέτηση και οι υπόλοιπες υπηρεσίες εδάφους παραμένουν στην κατοχή της Ολυμπιακής Αεροπορίας – Υπηρεσίες.
Στόχος του διαχωρισμού του ομίλου στις δύο εταιρείες είναι και πάλι η πώληση της εταιρείας σε ελκυστικότερη μορφή.
Οσον αφορά τη διαδικασία έρευνας, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή ισχυρίζεται ότι η αναδιάρθρωση της Ολυμπιακής Αεροπορίας, που εγκρίθηκε το 1994, χρησιμοποιήθηκε καταχρηστικά το 1998 και κάνει λόγο για νέα παράνομη ενίσχυση της εταιρείας από το ελληνικό Δημόσιο.
Τον σχετικό λογιστικό έλεγχο (για τον οποίο ενημερώνεται η ελληνική κυβέρνηση στις 2 Μαΐου 2005) καλείται να διενεργήσει η εταιρεία Moore Stephens προκειμένου να διαπιστώσει εάν έχουν χορηγηθεί ή όχι παράνομες κρατικές ενισχύσεις.
Η καταδικαστική για την Ολυμπιακή απόφαση με την οποία η Κομισιόν ζητεί από την εταιρεία να επιστρέψει στο Δημόσιο 540 εκατ. ευρώ εκδίδεται στις 14 Σεπτεμβρίου του 2005. Ακολουθούν διαιτησίες που επιδικάζουν στην Ολυμπιακή αντίστοιχα ποσά, καθώς αποφαίνονται ότι το ελληνικό Δημόσιο έχει χρέη προς την εταιρεία.
Ωστόσο, για το θέμα του συμψηφισμού των χρεών της εταιρείας από και προς το Δημόσιο η Κομισιόν δεν επιδεικνύει τον απαιτούμενο ζήλο. Σήμερα εξετάζει τον φάκελο με την επιχειρηματολογία που έχει αποστείλει η ελληνική πλευρά.
Η προσφυγή
Στο μεταξύ, τις προσεχείς μέρες ξεκινάει η εκδίκαση της προσφυγής της Επιτροπής για τις παράνομες κρατικές ενισχύσεις της περιόδου 2002-2004.
Την περασμένη Πέμπτη, η ιρλανδική αεροπορική εταιρεία χαμηλού κόστους Ryanair κατέθεσε προσφυγή στο Πρωτοδικείο των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων κατηγορώντας την Κομισιόν για αδράνεια στο θέμα της επιστροφής των παράνομων κρατικών ενισχύσεων της Ολυμπιακής από το ελληνικό Δημόσιο.