Φαινόμενα ευτροφισμού παρουσιάζει το 25% των λιμνών της χώρας ως αποτέλεσμα της συγκέντρωσης νιτρικών και φωσφορικών ενώσεων, κυρίως από τα γεωργικά και αστικά απόβλητα στα επιφανειακά νερά. Οπως επισημαίνεται στην έκθεση του ΕΚΠΑΑ, οι λίμνες Βεγορίτιδα, Βιστωνίδα, Βόλβη, Δοϊράνη, Ζάζαρη, Καστοριάς, Λαγκαδά, Λυσιμαχεία, Κερκίνη, Παμβώτιδα, Παραλίμνη, Πετρών, Υλίκη, Χειμαδίτιδα παρουσιάζουν ευαισθησία ως προς τον ευτροφισμό.
Η καταστρατήγηση της κείμενης πολεοδομικής και περιβαλλοντικής νομοθεσίας συγκαταλέγεται ως μία από τις κύριες αιτίες υποβάθμισης των ευαίσθητων φυσικών οικοσυστημάτων. Οπως σε Ασωπό, Κηφισό, Καλαμά, λίμνες Κορώνεια και Βόλβη, εκβολές του ποταμού Στρυμόνα, Αμβρακικό Κόλπο, από τη διάθεση υγρών αποβλήτων.
Ο υγροβιότοπος του Λούρου – Νεοχωρίου, η Τουρλίδα, ο Κόλπος Λαγανά Ζακύνθου, ο υγρότοπος Αλυκής στην Κω είναι περιοχές που δέχονται πιέσεις από την αυθαίρετη δόμηση, τα μπαζώματα, τις επιχωματώσεις, τις αμμοληψίες. Οι Εβρος, Νέστος, Αξιός πλήττονται από διασυνοριακά βιομηχανικά απόβλητα. Κτηνοτροφικές εγκαταστάσεις, μονάδες επεξεργασίας τροφίμων και εργοστασίων μεταποίησης πλήττουν τις λίμνες Αγιάς Χανίων, Τριχωνίδας και τα απόβλητα ελαιοτριβείων τις εκβολές Γεροποτάμου και Γεωργιούπολης.
Η έκθεση καταγράφει την υφιστάμενη κατάσταση σε 400 μικρούς και μεγάλους υγρότοπους που καταλαμβάνουν έκταση πάνω από δύο εκατομμύρια στρέμματα. Ο μεγαλύτερος αριθμός των μικρών υγροβιότοπων (πάνω από 300) βρίσκεται στα νησιά του Αιγαίου. Αυτοί δέχονται μεγάλη υποβάθμιση από ανθρώπινες δραστηριότητες με κυριότερη την απόρριψη απορριμμάτων και υγρών αποβλήτων. Πέντε παράκτιες θαλάσσιες περιοχές εμφανίζουν το φαινόμενο του ευτροφισμού. Πρόκειται για τον Κόλπο της Ελευσίνας, που δέχεται ανεπεξέργαστα βιομηχανικά απόβλητα από 1.000 βιομηχανικές μονάδες με αποτέλεσμα τις υψηλές συγκεντρώσεις οργανικού φορτίου, χλωροφύλλης, βαρέων μετάλλων και χαμηλές συγκεντρώσεις οξυγόνου. Τον έσω Σαρωνικό Κόλπο, τον Κόλπο της Θεσσαλονίκης, τον Αμβρακικό και τη λιμνοθάλασσα του Μεσολογγίου. Από επίγειες δραστηριότητες επηρεάζονται περισσότερο ο Παγασητικός, ο Αργολικός, ο Πατραϊκός και ο Κόλπος του Ηρακλείου. Τα λιγότερο διαταραγμένα οικοσυστήματα στα ελληνικά νερά καταγράφονται στις Κυκλάδες και τα περισσότερα στον Θερμαϊκό Κόλπο.
Μελέτες για ιχθυοπανίδα
Από τις μελέτες για την ιχθυοπανίδα προκύπτει ότι ο μπακαλιάρος και η κουτσομούρα από τα εμπορικά είδη είναι μεταξύ εκείνων που υπεραλιεύονται, ενώ το απόθεμα του γαύρου παρουσιάζει σημαντική μείωση.
Η αλιεία οστρακόδερμων που παρουσίασε την μεγαλύτερη άνθηση στις αρχές της δεκαετίας του ’90 έχει σήμερα σημειώσει πτώση ή και κατάρρευση με ανάλογη πτώση του αριθμού των σκαφών.