Οταν το 1999 ο τότε πρωθυπουργός κ. Κώστας Σημίτης τοποθέτησε τον Μιχάλη Χρυσοχοΐδη στο υπουργείο Δημόσιας Τάξης, του έθεσε ως βασική προτεραιότητα την αντιμετώπιση της τρομοκρατίας. Με την Αθήνα να έχει αναλάβει τους Ολυμπιακούς Αγώνες του 2004, η απειλή αιματηρών τρομοκρατικών επιθέσεων μπορούσε να δυναμιτίσει το όλο εγχείρημα. Τρία χρόνια μετά, το καλοκαίρι του 2002, εξαρθρωνόταν η «17 Νοέμβρη», η μακροβιότερη και με τον μεγαλύτερο αριθμό θυμάτων εγχώρια τρομοκρατική οργάνωση. Ο κ. Χρυσοχοΐδης απολάμβανε τα εύσημα από πολλές πλευρές, αλλά, ταυτόχρονα, γινόταν το πρόσωπο που έθεταν στο στόχαστρό τους οι επίδοξοι διάδοχοι της 17Ν.
Εκεί που οι προκάτοχοί του είχαν αποτύχει για δυόμισι δεκαετίες, ο ίδιος κατάφερε να πετύχει. Με μια απλή, αλλά ουσιαστική κίνηση: αντιμετώπισε την τρομοκρατία με όρους κοινού εγκλήματος. Εβαλε στην άκρη τις θεωρίες συνωμοσίας, που παρουσίαζαν τους τρομοκράτες σχεδόν ανέγγιχτους, που θεωρούσαν ότι τα νήματα κινούν πανίσχυρες μυστικές υπηρεσίες που είναι ανίκητες ή που υποστήριζαν ότι οι κεφαλές της εγχώριας τρομοκρατίας βρίσκονται τόσο ψηλά, ώστε δεν μπορούν να αγγιχτούν.
Επιστράτευσε ανθρώπους που θεωρούσε έξυπνους και ικανούς, τον Φώτη Νασιάκο στη θέση του αρχηγού της ΕΛ. ΑΣ. και τον εισαγγελέα Ιωάννη Διώτη, ενώ επικεφαλής της Αντιτρομοκρατικής όρισε τον Στέλιο Σύρο, αξιωματικό με μεγάλη εμπειρία στην αντιμετώπιση του κοινού εγκλήματος. Και ζήτησε να βάλουν στην άκρη ό, τι μέχρι τότε υπήρχε ως συμπέρασμα, να ξεχάσουν λίστες υπόπτων και σενάρια για τη δομή και τη στελέχωση της 17Ν και να δουν ξανά όλα τα στοιχεία, ένα προς ένα από την αρχή, να καταλήξουν σε δικά τους συμπεράσματα, να σκιαγραφήσουν το δικό τους προφίλ υπόπτων. Παράλληλα, ενδυνάμωσε τη συνεργασία με τις διωκτικές αρχές ξένων χωρών, αλλά σε μια νέα βάση: ζήτησε τα φώτα τους όσον αφορά τις σύγχρονες μεθόδους στην εγκληματολογική έρευνα. Ετσι για πρώτη φορά η Ελληνική Αστυνομία απέκτησε σύγχρονα εξοπλισμένα εγκληματολογικά εργαστήρια, που μπορούσαν να δώσουν νέα στοιχεία από παλιά ευρήματα, αλλά και εξοπλισμό για την παρακολούθηση και αποκωδικοποίηση στοιχείων που μπορούσαν να προκύψουν από τις νέες τεχνολογίες.
Ο ίδιος ο Μιχάλης Χρυσοχοΐδης αποδύθηκε σ’ ένα ψυχολογικό παιχνίδι πρόκλησης, καλώντας τους τρομοκράτες να παραδοθούν από μόνοι τους και αφήνοντας με δηλώσεις τους υπονοούμενα ότι η ταυτότητά τους είναι γνωστή στις διωκτικές αρχές και η σύλληψή τους είναι θέμα χρόνου. Επιδίωξη αυτής της τακτικής ήταν να «εκβιάσει» βιαστικές ενέργειες, όχι πολύ καλά προετοιμασμένες, οι οποίες θα έφερναν το λάθος, που θα μπορούσε να αποτελέσει την άκρη του νήματος για να ξετυλιχθεί το κουβάρι. Το μοιραίο λάθος ήρθε με τη βόμβα που έσκασε στα χέρια του Σάββα Ξηρού, στο λιμάνι του Πειραιά. Και το κουβάρι ξετυλίχθηκε.
Οπως, όμως, και στις υπόλοιπες ευρωπαϊκές χώρες με εμπειρία τρομοκρατικών οργανώσεων, έτσι και στην Ελλάδα, δεν άργησαν να εμφανισθούν διάδοχοι. Η νέα τρομοκρατία προυσιάσθηκε γρήγορα, από το 2003, και πιο άγρια σε σχέση με την παλιά. Μακριά από το υπουργείο Δημόσιας Τάξης αρχικά και στην αντιπολίτευση ακολούθως, ο κ. Χρυσοχοΐδης συνέχισε να παρακολουθεί το τρομοκρατικό φαινόμενο και να έχει «διάλογο» με τους τρομοκράτες. Σε κάθε νέα τρομοκρατική επίθεση, όλοι επιζητούσαν μια δική του δήλωση, ενώ οι τρομοκράτες τον θυμούνταν στις προκηρύξεις τους. Οταν τον περασμένο Οκτώβριο τοποθετήθηκε εκ νέου πολιτικός προϊστάμενος της αστυνομίας, βρέθηκε με το κουβάρι της νέας τρομοκρατίας στα χέρια του. Κατάφερε να ξετυλίξει ένα μέρος του, με τη σύλληψη μελών του «Επαναστατικού Αγώνα». Οι λογαριασμοί, όμως, παραμένουν ανοιχτοί και είναι, πλέον, περισσότερο προσωπικοί από ποτέ.