Η διοίκηση των ΑΕΙ ήταν από συστάσεως ελληνικού κράτους ένα θέμα που προκαλούσε έντονες αντιδράσεις. Οι εκπρόσωποι της ιντελιγκέντσιας της χώρας ουκ ολίγες φορές συγκρούστηκαν με τους εκπροσώπους της εκτελεστικής εξουσίας, όταν οι δεύτεροι επεχείρησαν να ελέγξουν τους πρώτους. Μάλιστα, στα τέλη της δεκαετίας του ’50 η Σύγκλητος του Παν. Αθηνών αρνήθηκε να εφαρμόσει νόμο που αφορούσε το αυτοδιοίκητο των ΑΕΙ. Μια απόφαση που θυμίζει την πρόσφατη απόφαση της νυν Συγκλήτου του ιστορικότερου ιδρύματος της χώρας για το σημερινό νομοσχέδιο.
Ειδικότερα, η πρώτη νομοθεσία για το πανεπιστήμιο στο νέο ελληνικό κράτος είχε τη μορφή διατάγματος, τον Δεκέμβριο του 1836, το οποίο δεν επικυρώθηκε από τον Οθωνα. Τον Απρίλιο του 1837 ο βασιλιάς επικύρωσε το διάταγμα με σημαντικές διαφορές σε σχέση με την πρώτη του μορφή. Πρόκειται για την πρώτη αξιόλογη στα εκπαιδευτικά πράγματα σύγκρουση. Οι καθηγητές διορίζονταν από τον βασιλιά. Το 1844 η Βουλή δέχθηκε (119 έναντι 44) αίτημα των καθηγητών του Πανεπιστημίου Αθηνών να εκλέγουν βουλευτή. Η πρώτη μεταρρύθμιση στα ΑΕΙ (νόμος 3823) έγινε το 1911 από την κυβέρνηση Ελ. Βενιζέλου με υπουργό Παιδείας τον Απ. Αλεξανδρή. Μεταξύ άλλων ελαχιστοποιήθηκε η παρέμβαση του υπουργού στην εκλογή καθηγητών. Το 1922 (κυβέρνηση Π. Πρωτοπαπαδάκη – υπουργός Κ. Πολυγένης που ήταν ταυτόχρονα και πρύτανης του Παν. Αθηνών) μέσα στο χάος της εποχής θεσπίστηκαν μέτρα που ευνοούσαν τους πρωτοβάθμιους καθηγητές. Επίσης, δημιουργήθηκε το νομικό πλαίσιο για την επιβολή εισαγωγικών εξετάσεων στα ΑΕΙ.
Το 1926-1927 ιδρύεται το Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης. Στον σχεδιασμό μετέχει ο Δ. Γληνός και στις προθέσεις του εισηγητή Αλ. Παπαναστασίου είναι το Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης να «συντελέσει εμμέσως εις την βελτίωσιν και του εν Αθήναις Πανεπιστημίου». Η απόφαση προκαλεί την αντίδραση του αθηναϊκού πανεπιστημιακού κατεστημένου, που ανησυχεί ότι θα χάσει τον απόλυτο έλεγχο στην παραγωγή επιστημονικού δυναμικού και ιδίως του διδακτικού προσωπικού της μέσης εκπαίδευσης, αλλά και για την εκσυγχρονιστική πρόθεση των νομοθετών. Το 1932 (κυβέρνηση Βενιζέλου – υπουργός Γ. Παπανδρέου) προωθείται η πρώτη νομοθετημένη μεταρρύθμιση και στις τρεις βαθμίδες. Ακολουθεί σχέδιο του Κων. Καραθεοδωρή. Καθιερώνεται θέση κυβερνητικού επιτρόπου στα ΑΕΙ για έλεγχο εφαρμογής της εκπαιδευτικής πολιτικής, ενώ περιορίζεται κάπως η εξουσία των καθηγητών.
Το 1938 νόμος ανατρέπει όλα τα βασικά χαρακτηριστικά του οργανισμού του 1932, ενώ το 1952 γίνεται στο Σύνταγμα η πρώτη σαφής αναφορά στην αυτοδιοίκηση των ΑΕΙ. Ακολουθεί ο νόμος 3914 του 1959, τον οποίο η Σύγκλητος του Πανεπιστημίου Αθηνών αρνείται να εφαρμόσει θεωρώντας τον αντισυνταγματικό, γιατί παρά το αυτοδιοίκητο, δεν ρωτήθηκε κατά τη σύνταξή του. Το 1964-1965 (κυβέρνηση Γ. Παπανδρέου – υπουργός Γ. Παπανδρέου – εισηγητής Ευ. Παπανούτσος) επιχειρείται η δεύτερη μεταρρύθμιση και στις τρεις βαθμίδες. Το 1975 διατυπώνεται στο Σύνταγμα το άρθρο 16 με τη σημερινή του μορφή και το 1982 ακολουθεί ο νόμος-πλαίσιο της κυβέρνησης του ΠΑΣΟΚ. Τον νόμο άλλαξε η μεταρρυθμιστική προσπάθεια της Μαριέττας Γιαννάκου το 2007.