Αναφορές για έντονο παρασκήνιο με υποδείξεις ακόμα και υπουργών, οι οποίοι όμως δεν κατονομάζονται ούτε οι παρεμβάσεις τους στοιχειοθετούνται, περιλαμβάνουν στα υπομνήματά τους οι οικονομικοί εισαγγελείς Γρ. Πεπόνης και Σπ. Μουζακίτης, τα οποία διαβιβάστηκαν στην Επιτροπή Θεσμών και Διαφάνειας της Βουλής με το σύνολο του φακέλου των ερευνών της Εισαγγελίας του Αρείου Πάγου.
Οπως προκύπτει από τα πολυσέλιδα υπομνήματα, κυρίως εκείνα του κ. Γρ. Πεπόνη για συγκεκριμένες υποθέσεις πολιτικού ενδιαφέροντος, δέχθηκαν πιέσεις εντός κι εκτός Δικαιοσύνης, όπως αναφέρουν, καθώς χειρισμοί τους προκάλεσαν αντιδράσεις σε πολλά επίπεδα. «Προεκλήθησαν, αναφέρει ο κ. Πεπόνης, συγκεκριμένες υπουργικές αντιδράσεις και δη πλειστάκις, γνωστές εις ημάς, αλλά και τον επόπτη μας κ. Νικ. Παντελή, αλλά και τον εισαγγελέα του Αρείου Πάγου». Οι υποδείξεις και οι παρεμβάσεις εστιάστηκαν, όπως λένε οι ίδιοι οι οικονομικοί εισαγγελείς, σε δύο υποθέσεις: εκείνη που αφορούσε έρευνά τους μετά τις καταγγελίες του κ. Δ. Κουσελά ότι υπήρχαν λίστες φοροφυγάδων που δεν αξιοποιήθηκαν όσο ήταν στο υπουργείο Οικονομικών, αλλά και τη γνωστή υπόθεση με τα CDS που αφορούσε, όπως αναφέρει ο κ. Πεπόνης, «τον αδελφό του τότε πρωθυπουργού».
Για την υπόθεση Κουσελά, ο κ. Πεπόνης, κάτι που δεν επιβεβαιώνεται από την κατάθεση του επόπτη του, αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου, αναφέρει:
«Ο εισαγγελέας του Αρείου Πάγου εξεφράσθη εντόνως εναντίον της ενέργειάς μου (έρευνα), και εν τω μεταξύ του είχε τηλεφωνήσει συγκεκριμένος υπουργός της κυβέρνησης», τον οποίο όμως δεν αναφέρει, ούτε αποκαλύπτει ποια ήταν η παρέμβασή του.
Σε ό,τι αφορά τα CDS, ο κ. Πεπόνης αναφέρει ότι δέχθηκε υπηρεσιακές υποδείξεις για επίσπευση των ερευνών, ενώ ο κ. Σπ. Μουζακίτης περιγράφει περιστατικό στο υπουργείο Δικαιοσύνης το οποίο, όπως λέει, «τον εξέπληξε». Σύμφωνα με το υπόμνημά του, σε συνάντηση υπηρεσιακής φύσεως στο υπουργείο, ο υπουργός, παρουσία του γ.γ. του υπουργείου, αλλά και του κ. Πεπόνη, ζήτησε να ολοκληρωθεί το ταχύτερο δυνατό η έρευνα», αν και «αυτή δεν είχε υπερβεί τα νόμιμα χρονικά όρια». Ωστόσο για την ουσία της υπόθεσης αυτής, ο επόπτης τους, αντεισαγγελέας του Αρείου Πάγου Νικ. Παντελής, στην πολυσέλιδη κατάθεσή του όπου αρνείται τα περί υπηρεσιακών υποδείξεων, πέραν των νομίμων ορίων, σημειώνει το εξής ενδιαφέρον. Πως ο κ. Πεπόνης τον είχε ενημερώσει αρχικά ότι είχε στη διάθεσή του μάρτυρα με σημαντικές αποκαλύψεις για την υπόθεση, αρκεί να του παρείχαν διασφαλίσεις ανωνυμίας, γεγονός που δέχθηκε, αλλά στη συνέχεια ουδέποτε ο μάρτυρας προσήλθε να καταθέσει. Αντιθέτως, στις 22 Δεκεμβρίου, ο κ. Πεπόνης πήγε στο γραφείο του, όπως αναφέρει ο κ. Παντελής, και τον ενημέρωσε ότι «η έρευνα για την υπόθεση που αφορούσε τον αδελφό του τέως πρωθυπουργού είχε οδηγηθεί σε αδιέξοδο και σκόπευε τις αμέσως επόμενες ημέρες να τη θέσει στο αρχείο».
Πάντως, τόσο ο εισαγγελέας Αρ. Κορέας που χειρίζεται την έρευνα αυτή όσο και η κ. Πόπη Παπανδρέου δηλώνουν κατηγορηματικά στις καταθέσεις τους ότι ουδέποτε δέχθηκαν ενοχλήσεις ή παρεμβάσεις.