Αντιφάσεις των δύο βασικών μαρτύρων επικαλούνται οι δύο αλιείς που κατηγορούνται για τον θάνατο του πρώην υπουργού Σήφη Βαλυράκη τον Ιανουάριο του 2021. Βασιζόμενοι, μεταξύ άλλων, στη φωτογραφία ενός drone, στο ημερολόγιο του σκάφους τους και σε στοιχεία της δικογραφίας, υποστηρίζουν ότι δεν είχαν μετακινηθεί από το αλιευτικό καταφύγιο της Ερέτριας κατά την επίμαχη ημέρα και ζητούν την άρση της προφυλάκισής τους με προσφυγή που κατέθεσαν οι δικηγόροι τους στο Συμβούλιο Πλημμελειοδικών Χαλκίδας.
Στις 24 Ιανουαρίου 2021 εντοπίσθηκε η σορός του Σήφη Βαλυράκη στο Πεζονήσι Ερέτριας. Το σκάφος του είχε βρεθεί νωρίτερα ακυβέρνητο. Σε κατάθεσή του στην τοπική λιμενική αρχή, αυτόπτης μάρτυρας υποστήριξε ότι είχε προηγηθεί διαπληκτισμός μεταξύ του πρώην υπουργού και του χειριστή ενός λευκού αλιευτικού σκάφους, το οποίο φέρεται να προκάλεσε κυματισμό. Αργότερα, άλλος αυτόπτης μάρτυρας ανέφερε ότι ένας εκ των επιβατών του αλιευτικού σκάφους κτύπησε στο κεφάλι με κοντάρι τον πρώην υπουργό, μέχρι που εκείνος έπεσε στη θάλασσα. Οι συνήγοροι της οικογένειας του θανόντος υποστήριζαν ότι δεν επρόκειτο για θαλάσσιο ατύχημα, αλλά για δολοφονία και ζητούσαν να μην κλείσει η υπόθεση μετά την αρχική απορριπτική εισαγγελική πρόταση για άσκηση ποινικής δίωξης. Τελικά, η προσφυγή των δικηγόρων της οικογένειας του πρώην υπουργού έγινε δεκτή, η υπόθεση ανασύρθηκε και οι δύο αλιείς κρίθηκαν προφυλακιστέοι.
Οι δικηγόροι των ψαράδων, Γιάννης Γλύκας και Δημήτρης Καρβέλης, αναφέρουν στη δική τους προσφυγή κατά της προφυλάκισης ότι η δικογραφία ανασύρθηκε χωρίς αιτιολογία και επισημαίνουν ότι δεν παρασχέθηκαν επαρκή στοιχεία ώστε να επιβεβαιωθεί η παρουσία των δύο κατηγορουμένων στον χώρο του συμβάντος.
Στην προσφυγή τους αναφέρουν ότι οι περιγραφές του αλιευτικού σκάφους από τους δύο αυτόπτες μάρτυρες είναι αντιφατικές. Ο ένας μάρτυρας μίλησε για σκάφος πλαστικό, λευκού χρώματος, μήκους δέκα μέτρων, με τέντα άσπρη και κουπαστές περασμένες με λάδι και τετράγωνη πρύμνη, ενώ ο άλλος φέρεται να κάνει λόγο για ξύλινο λευκό σκάφος μήκους έξι – επτά μέτρων, δίχως τέντα και με στρογγυλή πρύμνη.
Οι κατηγορούμενοι υποστηρίζουν ότι εκείνη την ημέρα δεν είχαν βγει για ψάρεμα. Επικαλούνται αντίγραφο του ημερολογίου του σκάφους τους που το εμφανίζει δεμένο στο λιμάνι της Ερέτριας, καθώς και αεροφωτογραφία από drone με ώρα λήψεως 11.17, στην οποία απεικονίζεται το σκάφος στη συνήθη θέση του στο λιμάνι. Επικαλούνται και άλλες μαρτυρικές καταθέσεις που τοποθετούν το σκάφος στο αλιευτικό καταφύγιο Ερέτριας.