Με τις αποφάσεις των αστικών δικαστηρίων που έχουν δικαιώσει τη Μονή Βατοπεδίου σε ό,τι αφορά το ιδιοκτησιακό καθεστώς της λίμνης Βιστωνίδας και των παραλίμνιων εκτάσεων, οι συνήγοροι υπεράσπισης των κατηγορουμένων στη δίκη για το Βατοπέδι ζήτησαν να μην παραστεί ως πολιτικός ενάγων το Δημόσιο, που διεκδικεί αποζημίωση περί τα 250 εκατ. ευρώ. Οι συνήγοροι της Μονής προσκόμισαν –κατά την έναρξη της δίκης στο Τριμελές Εφετείο Κακουργημάτων– 18 αποφάσεις αστικών δικαστηρίων που έχουν αναγνωρίσει τη Μονή ως ιδιοκτήτρια της λίμνης και παραλίμνιων εκτάσεων που προσφέρθηκαν στο πλαίσιο ανταλλαγής με ακίνητα του Δημοσίου.
Συνολικά, έχουν εγερθεί 28 αγωγές για το μείζον θέμα της ιδιοκτησίας της λίμνης Βιστωνίδας, ενώ στο δικαστήριο προσκομίστηκε και επιστολή του επίτιμου προέδρου της Ν.Δ. Κων. Μητσοτάκη, στην οποία αναφέρεται ότι «όλες οι κυβερνήσεις αποδέχονταν το ιδιοκτησιακό καθεστώς της Μονής στη λίμνη». Οι δικηγόροι του Βατοπεδίου υποστήριξαν ότι δεν υφίσταται ζημία του Δημοσίου και ως εκ τούτου δεν μπορεί να παρίσταται στη δίκη διεκδικώντας αποζημίωση. Ωστόσο, το βούλευμα του Συμβουλίου Εφετών που παρέπεμψε σε δίκη τους κατηγορουμένους, ανάμεσά τους και ο ηγούμενος Εφραίμ, κάνει λόγο για στοχευμένες ανταλλαγές με ακίνητα «φιλέτα», που προκάλεσαν ζημία πολλών εκατ. ευρώ στο Ελληνικό Δημόσιο. Το δικαστήριο επιφυλάχθηκε να εκδώσει την απόφασή του.