Πρόβλημα έχει παρουσιαστεί στα μισθώματα των ακτοπλοϊκών εταιρειών για την εκτέλεση δρομολογίων που αφορούν άγονες γραμμές, λόγω αύξησης του ΦΠΑ από το 13% στο 23%. Το Γενικό Λογιστήριο του Κράτους παρακρατεί μεγαλύτερο ποσό απ' αυτό που πρέπει να αποδοθεί στις εταιρείες, ενώ σημειώνεται ότι τα μισθώματα των ακτοπλοϊκών για τις άγονες είχαν συμφωνηθεί και υπογραφεί με το υπουργείο Ναυτιλίας, όταν ακόμα ο ΦΠΑ ήταν μειωμένος.
Ο Σύνδεσμος Επιχειρήσεων Επιβατηγού Ναυτιλίας έχει ζητήσει την παρέμβαση του υπουργείου Ναυτιλίας για το θέμα για το οποίο έχει ήδη αποσταλεί σχετικό έγγραφο στο υπουργείο Οικονομικών.
Δεν αποκλείεται να υπάρχει σχετική ρύθμιση που να εξαιρεί από ΦΠΑ 23% τα μισθώματα των άγονων γραμμών. Σημειώνεται ότι ο προϋπολογισμός των άγονων γραμμών που ανέρχονται περίπου σε 70 εκατ. ευρώ έχει διαμορφωθεί περίπου στα 79 εκατ. ευρώ.
Οι επιδοτήσεις για τις άγονες γραμμές προκηρύσσονται και δίνονται πλέον από το υπουργείο Ναυτιλίας και Αιγαίου στην Ακτή Βασιλειάδη και όχι από τη Γενική Γραμματεία Αιγαίου.