Ακυρες είναι, σύμφωνα με απόφαση του ΣτΕ, οι επιλογές διευθυντών σχολικών μονάδων πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης, που έγιναν με βάση τον νόμο Μπαλτά (4327/2015). Το Γ΄ Τμήμα του ΣτΕ με απόφασή του (865/2016) έκρινε αντισυνταγματικό τον νέο τρόπο επιλογής διευθυντών σχολικών μονάδων πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης, ωστόσο η τελική απόφαση, επί της συνταγματικότητας ή μη, θα κριθεί από την Ολομέλεια του ανωτάτου ακυρωτικού δικαστηρίου. Σύμφωνα με το σκεπτικό της απόφασης του Γ΄ Τμήματος, που εκδόθηκε με πρόεδρο την Αικατερίνη Συγγούνα και εισηγητή τον σύμβουλο Επικρατείας Δημήτρη Μακρή, βασικό στοιχείο της αντισυνταγματικότητας είναι η διαδικασία που προβλέπει ότι οι νέοι διευθυντές επιλέγονται από τον σύλλογο διδασκόντων με μυστική ψηφοφορία.
Οι σύμβουλοι Επικρατείας έκριναν ότι η συγκεκριμένη διαδικασία αντιβαίνει στις συνταγματικές αρχές «της ισότητας, της αξιοκρατίας αλλά και της ελεύθερης πρόσβασης και σταδιοδρομίας κάθε Ελληνα στις δημόσιες θέσεις, καθώς δεν εξασφαλίζονται οι προϋποθέσεις αξιοκρατικής κρίσεως και δεν καθίσταται γνωστή στους υποψηφίους και ελέγξιμη από το ΣτΕ η αξιολόγηση των υποψηφίων ως προς το μνησθέν κριτήριο». Η διαδικασία αυτή, κατά τους συμβούλους, δεν ενδείκνυται για σχολικές μονάδες εκπαίδευσης «οι οποίες ανήκουν εκ του Συντάγματος στην αποκλειστική αρμοδιότητα του κράτους», και η «διοίκησή τους θα πρέπει να αναδεικνύεται στο πλαίσιο διαφανούς και αντικειμενικής διαδικασίας».
Στο ανώτατο ακυρωτικό δικαστήριο έχουν προσφύγει διευθυντές σχολικών μονάδων και η Πανελλήνια Ενωση Διευθυντών Εκπαίδευσης, ζητώντας να ακυρωθεί η απόφαση του αναπληρωτή υπουργού Παιδείας (19 Μαΐου 2015) για την επιλογή διευθυντών σε σχολικές μονάδες και εργαστηριακά κέντρα.