Τον δημόσιο χαρακτήρα της αναδιαρθρωμένης πλέον ΥΠΑ (Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας), η οποία μετατρέπεται σε Αρχή Πολιτικής Αεροπορίας, διατηρεί η ανεξάρτητη πλέον αρχή, σύμφωνα με το νομοσχέδιο «Σύσταση Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας, Αναδιάρθρωση της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας και άλλες διατάξεις», που αποτελεί προαπαιτούμενο για την εκταμίευση της υποδόσης. Το νομοσχέδιο, που κατατέθηκε χθες το βράδυ στη Βουλή, κυριολεκτικά την τελευταία στιγμή, προβλέπει το διαχωρισμό της Υπηρεσίας, με το ένα σκέλος να αναλαμβάνει την αεροναυτιλία και τη διαχείριση των τελών αεροναυτιλίας και το άλλο να διατηρεί εποπτικό ρόλο. Τελικώς διατηρείται ο δημόσιος χαρακτήρας και των δύο τμημάτων, ενώ μετατρέπεται η Αρχή Πολιτικής Αεροπορίας σε ανεξάρτητη αρχή, σύμφωνα με τις κοινοτικές προβλέψεις. Παράλληλα, ο τομέας που αναλαμβάνει τη διαχείριση των τελών αεροναυτιλίας παραμένει υπό κρατικό έλεγχο. Την ίδια στιγμή, τα περιφερειακά αεροδρόμια, πέραν των 14 τα οποία παραχωρούνται στην κοινοπραξία στην οποία συμμετέχει η Fraport, πρόκειται να περιέλθουν στη δικαιοδοσία της ΥΠΑ.
Σύμφωνα με την αιτιολογική έκθεση του νομοσχεδίου, συστήνεται η Αρχή Πολιτικής Αεροπορίας, που μετατρέπεται σε αμιγώς ανεξάρτητη, δημόσια όμως υπηρεσία, προκειμένου να αναλάβει την άσκηση ρυθμιστικών κανονιστικών και εποπτικών αρμοδιοτήτων. Διαχωρίζεται σύμφωνα με το Ενωσιακό Δίκαιο η Αρχή Πολιτικής Αεροπορίας από την παροχή υπηρεσιών αεροναυτιλίας και φορέων αεροδρομίων και υδατοδρομίων. Ο διοικητής της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας επιλέγεται με τη διαδικασία της δημόσιας πρόσκλησης και εγκρίνεται από τη Βουλή. Το εκτελεστικό συμβούλιο της Αρχής απαρτίζεται από τον διοικητή και άλλα τέσσερα μέλη, που έχουν πλήρη λειτουργική και διοικητική ανεξαρτησία. Οι εποπτικές αρχές συντονίζουν ένα νέο σώμα επιθεωρητών, ενώ αναδιαμορφώνεται το υφιστάμενο σώμα στο οποίο ενσωματώνονται οι επιθεωρητές αεροδρομίων.
Σε κάθε αεροδρόμιο εγκαθίσταται αεροπορική αρχή, η οποία ασκεί εποπτικό ρόλο σε θέματα εφαρμογής κανόνων αεροπορικού δικαίου και τις επιθεωρήσεις ασφαλείας πτήσεων του κάθε αεροδρομίου. Οι υπάλληλοι, όμως, της αρχής θα εκτελούν ελέγχους σε άλλα αεροδρόμια από αυτά στα οποία απασχολούνται.
Επίσης, καθορίζεται η Γενική Διεύθυνση Παροχής Υπηρεσιών Αεροναυτιλίας με δημόσιο και ανεξάρτητο χαρακτήρα. Στο πλαίσιο της δυνατότητας κατάρτισης προϋπολογισμών εσόδων που της παρέχεται, εισηγείται τον καθορισμό και την αναπροσαρμογή των τελών και των λοιπόν εσόδων του τομέα αεροναυτιλίας, ενώ αναλαμβάνει και τη μέριμνα για διαβούλευση με τους αρμόδιους φορείς σε συνεργασία με την Εποπτική Αρχή Τελών Αερολιμένων.
Παράλληλα η θεσμοθέτηση οργάνου το οποίο αναλαμβάνει τη ρύθμιση ζητημάτων που άπτονται των υδατοδρομίων αναμένεται να ξεμπλοκάρει το ζήτημα της αδειοδότησης των υδατοδρομίων, επιταχύνοντας τις διαδικασίες σε συνδυασμό και με το σχετικό νομοσχέδιο για τα υδατοδρόμια.