Ποινή αφαίρεσης έξι βαθμών από τον ΠΑΟΚ επέβαλε η Πειθαρχική Επιτροπή της ΕΠΟ για τα επεισόδια στον τελικό Κυπέλλου. Tρεις βαθμοί αφαιρέθηκαν για εκτεταμένα επεισόδια εντός αγωνιστικού χώρου και τρεις βαθμοί επιπλέον επειδή ο ΠΑΟΚ ήταν υπότροπος λόγω της τιμωρίας του, για τον ίδιο λόγο, στον περυσινό αγώνα κυπέλλου κόντρα στον Ολυμπιακό. Η αφαίρεση βαθμών από τον ΠΑΟΚ ισχύει για τα πλέι οφ, όμως, μετά τα αποτελέσματα της προχθεσινής τελευταίας αγωνιστικής, δεν τον επηρεάζει ουσιωδώς, καθώς τόσο η δεύτερη όσο και η τρίτη θέση οδηγούν στον τρίτο προκριματικό γύρο του Γιουρόπα Λιγκ.
Ο ΠΑΟΚ τερμάτισε στη δεύτερη θέση των πλέι οφ με 11 βαθμούς, αλλά λόγω της χθεσινής απόφασης οι βαθμοί του μειώνονται στους πέντε. Ωστόσο, επειδή κατέκτησε το Κύπελλο, παίρνει το ευρωπαϊκό εισιτήριο που αντιστοιχεί στην ομάδα που τερμάτισε δεύτερη στα πλέι οφ και είναι ο Παναθηναϊκός.
Επομένως, η τελική βαθμολογία των πλέι οφ διαμορφώθηκε ως εξής: 1. ΑΕΚ: 12 βαθμοί, 2. Παναθηναϊκός 8 β. 3. ΠΑΟΚ 5 β. 4. Πανιώνιος 4 β. Στον ΠΑΟΚ, επιπρόσθετα επιβλήθηκε ποινή επτά αγωνιστικών χωρίς θεατές και πρόστιμο 282.500 ευρώ κυρίως λόγω εκτεταμένων επεισοδίων στον αγωνιστικό χώρο και στις κερκίδες και εξαιτίας της προαναφερόμενης υποτροπής. Η ΑΕΚ τιμωρήθηκε με τρεις αγωνιστικές χωρίς θεατές και πρόστιμο 170.000 ευρώ κυρίως λόγω εκτεταμένων επεισοδίων στις κερκίδες. Η απόφαση για ΠΑΟΚ και ΑΕΚ είναι εφέσιμη.
Στο σκεπτικό η Πειθαρχική Επιτροπή της ΕΠΟ αναγνωρίζει την αντικειμενική ευθύνη των δύο ΠΑΕ για τη συμπεριφορά των οπαδών τους και θεωρεί ότι τα επεισόδια αποτέλεσαν ικανή συνθήκη ώστε να καθυστερήσει η άφιξη των αποστολών των δύο ομάδων στο Πανθεσσαλικό Στάδιο. Με αυτό το επιχείρημα ξεπεράστηκε η υπερασπιστική γραμμή των δύο ΠΑΕ, οι οποίες υποστήριξαν ότι δεν έχουν ευθύνη για τα επεισόδια επειδή αυτά χρονικά έγιναν πριν από την άφιξη των αποστολών τους στο στάδιο. Τέλος, έγινε δεκτή η πρόσθετη παρέμβαση της ΠΑΕ Παναθηναϊκός.