Μεγάλα ερωτήματα γεννά ο τρόπος μεταφοράς των ευρωπαϊκών κονδυλίων για το μεταναστευτικό από τις Μη Κυβερνητικές Οργανώσεις (ΜΚΟ) στο κράτος και οι λύσεις που επιλέγονται από την κυβέρνηση όσον αφορά τις υπηρεσίες στις οποίες κατευθύνονται τα κοινοτικά κονδύλια. Είναι χαρακτηριστικό ότι το υπουργείο Εθνικής Αμυνας αναλαμβάνει την προκήρυξη των συμβάσεων για την κατασκευή κτιρίων για τη στέγαση των προσφύγων αλλά και τη σίτιση στα κέντρα υποδοχής στα νησιά (hotspot). Παρά το γεγονός ότι πλέον έχουν δημιουργηθεί αυτόνομο υπουργείο Μεταναστευτικής Πολιτικής καθώς και αυτοτελής υπηρεσία Πρώτης Υποδοχής, ο στρατός προκρίνεται και πάλι ως λύση, με αποτέλεσμα πολλά ευρωπαϊκά κονδύλια για το προσφυγικό να καταλήγουν στο υπουργείο Εθνικής Αμυνας.
Με διάταξη εντός άσχετου νόμου, που αφορά τη μεταρρύθμιση της Διοικητικής Οργάνωσης των υπηρεσιών Υγείας (νόμος 4461 ο οποίος δημοσιεύθηκε σε ΦΕΚ στις 28 Μαρτίου 2017), το υπουργείο Εθνικής Αμυνας μπορεί να προβαίνει στην επισκευή ακινήτων της Γενικής Γραμματείας Πρόνοιας και των εποπτευόμενων φορέων της και στην εγκατάσταση εξοπλισμού σε αυτά για τη στέγαση ανηλίκων και των ασυνόδευτων ανηλίκων που χρήζουν κοινωνικής προστασίας. Οι δαπάνες για το συγκεκριμένο έργο καλύπτονται από το ταμείο Ασύλου, Μετανάστευσης και Ενταξης της Ευρωπαϊκής Ενωσης, ενώ οι λεπτομέρειες για τα κτίρια που θα επιλέγονται θα καθορίζονται με κοινή υπουργική απόφαση των υπουργών Αμυνας, Κοινωνικής Ασφάλισης και Μεταναστευτικής Πολιτικής, όπως αναφέρεται στον νόμο.
Μόλις πριν από δέκα ημέρες και συγκεκριμένα στις 15 Ιουνίου, δημοσιεύθηκε επίσης πρόσκληση του υπουργείου Αμυνας για την παροχή υπηρεσιών σίτισης, καθαριότητας στα κέντρα υποδοχής και ταυτοποίησης των νησιών του Αιγαίου δηλαδή τα hotspots σε Λέσβο, Χίο, Σάμο, Κω και Λέρο. Οι υπηρεσίες που θα παρέχονται, σύμφωνα με την πρόσκληση, αφορούν 8.500 άτομα και η δαπάνη φθάνει τα 45 εκατομμύρια ευρώ. Η χρηματοδότηση προέρχεται επίσης από το Ταμείο Ασύλου (Εθνικό πρόγραμμα 2014-2020) και η ημερομηνία λήξης του προγράμματος ορίζεται η 31η Δεκεμβρίου 2022. Η σίτιση στα κέντρα φιλοξενίας μεταναστών – προσφύγων από τον στρατό είχε επιλεγεί ως έκτακτη λύση στην αρχή της προσφυγικής κρίσης, ώστε να υπάρξει ένα εύλογο χρονικό διάστημα έως ότου η πολιτεία προετοιμαστεί. Φαίνεται όμως ότι ουδέν μονιμότερον του προσωρινού.
Παράλληλα, η πρωτοβάθμια φροντίδα Υγείας στα κέντρα φιλοξενίας που βρίσκονται σε όλη την ηπειρωτική Ελλάδα, από τις αρχές Ιουλίου θα παρέχεται από το κράτος. Πρόκειται για αλλαγή που εύλογα πραγματοποιείται, εφόσον με τις υφιστάμενες συνθήκες το προσφυγικό- μεταναστευτικό δεν αποτελεί πλέον επείγον πρόβλημα αλλά έχει αποκτήσει στοιχεία «κανονικότητας». Η μετάβαση αυτή σημαίνει ότι οι ΜΚΟ που έως τώρα δραστηριοποιούνταν σε αυτό τον τομέα και παρείχαν πρωτοβάθμια φροντίδα θα αποχωρήσουν άμεσα χωρίς να υπάρξει μεταβατικό διάστημα. Την ίδια στιγμή, όμως, δεν έχουν οργανωθεί τα νέα κλιμάκια εντός των κέντρων φιλοξενίας με φανερό τον κίνδυνο να επιβαρυνθούν ιδιαίτερα τα νοσοκομεία της κάθε περιοχής στα οποία θα απευθύνονται οι αιτούντες άσυλο για το παραμικρό.
Στο τέλος Ιουλίου κλείνει επίσης το πολυϊατρείο των «Γιατρών του Κόσμου» που βρίσκεται στην οδό Πειραιώς και λειτουργούσε από το 2016 με ευρωπαϊκή χρηματοδότηση μέσω της Υπατης Αρμοστείας του ΟΗΕ για τους πρόσφυγες. Η συγκεκριμένη δομή διαθέτει παθολόγο, γυναικολόγο, παιδίατρο σε καθημερινή βάση και ψυχολόγο δύο φορές την εβδομάδα –ενώ βέβαια υπάρχουν και οι αναγκαίοι διερμηνείς– και παρείχε πρωτοβάθμια ιατρική φροντίδα στους υποψήφιους προς μετεγκατάσταση και σε ευάλωτους αιτούντες άσυλο που παρέμεναν στην Αττική. Ο πληθυσμός αυτός, στο μεγαλύτερό του ποσοστό, φιλοξενείται σε ενοικιαζόμενα διαμερίσματα και ξενοδοχεία και άρα επιβάλλεται με κάποιο τρόπο να παρακολουθείται ιατρικά. Ενδεικτικά, στη συγκεκριμένη δομή από τον Ιανουάριο έως και τις αρχές Ιουνίου φέτος είχαν εξεταστεί 2.500 άτομα για πρώτη φορά.
Ανάλογα, σταματά τη λειτουργία του και το ιατρικό κλιμάκιο που λειτουργούσε στη Θεσσαλονίκη από την αρχή του χρόνου, στηρίζοντας τους εθελοντές που δραστηριοποιούνται στο πολυϊατρείο της πόλης.