Σημαντικά επιχειρήματα υπέρ της συνταγματικότητας των αλλαγών που έγιναν στη διδασκαλία του μαθήματος των Ορησκευτικών με επίκληση βασικών συνταγματικών διατάξεων περιλαμβάνονται στο σκεπτικό των ανώτατων δικαστικών λειτουργών του Συμβουλίου της Επικρατείας που μειοψήφισαν στην απόφαση του ανωτάτου δικαστηρίου με την οποία κατά πλειοψηφία κρίθηκαν πολλαπλώς αντισυνταγματικές οι εν λόγω αλλαγές.
Ειδικότερα, όπως έγινε γνωστό, στην απόφαση της Ολομελείας υπέρ της αντισυνταγματικότητας των αλλαγών για τα θρησκευτικά ψήφισαν 20 Ανώτατοι Δικαστικοί και πέντε μειοψήφισαν σημειώνοντας μεταξύ άλλων ότι για τη διαμόρφωση της εθνικής συνείδησης δεν απαιτείται ως αναγκαία προϋπόθεση η χριστιανική πίστη διότι έλληνες εθνική συνείδηση μπορεί να διαθέτουν και πολίτες άλλων θρησκευμάτων, ενώ σε ότι αφορά τη διδασκαλία των θρησκευτικών, οι μειοψηφούντες δικαστικοί, υποστήριξαν ότι η διδασκαλία πρέπει να κατατείνει στην εκπαίδευση των μαθητών και δεν μπορεί ο τρόπος της διδασκαλίας των θρησκευτικών να είναι κατηχητικός διότι έτσι η διδασκαλία τελικώς κατατείνει στην επιβολή θρησκευτικής συνείδησης.
«H ανάπτυξη "εθνικής συνειδήσεως", τονίζεται στη μειοψηφία της αποφάσεως, κατά το Σύνταγμα δεν εξαρτάται από την καλλιέργεια «θρησκευτικής συνειδήσεως» ούτε από την πίστη σε συγκεκριμένο θρήσκευμα, διότι ελληνική εθνική συνείδηση απολύτως θεμιτώς μπορεί να έχουν και όσοι ασπάζονται διαφορετικό ή δεν ασπάζονται κανένα θρήσκευμα».
Στην απόφαση της Ολομελείας του ΣτΕ με πρόεδρο, τον Πρόεδρο του Δικαστηρίου Νίκο Σακελλαρίου και εισηγητή τον σύμβουλο του ΣτΕ, Ευθύμιο Αντωνόπουλο, μειοψήφισαν η αντιπρόεδρος Σπυριδούλα Χρυσικοπούλου οι σύμβουλοι Επικρατείας, Ιωάννης Μαντζουράνης, Θεόδωρος Αραβάνης, Μιχάλης Πικραμένος και Αναστασία – Μαρία Παπαδημητρίου.
Σύμφωνα με πληροφορίες και οι πέντε, αφού τάσσονται υπέρ της συνταγματικότητας των αλλαγών στα θρησκευτικά, τονίζουν ότι το Σύνταγμα και οι διεθνείς συμβάσεις ουδόλως υποχρεώνουν τον νομοθέτη να προσδώσει στο μάθημα των θρησκευτικών ομολογιακό ή κατηχητικό χαρακτήρα, γιατί αυτό θα ισοδυναμούσε όχι με «ανάπτυξη» θρησκευτικής συνείδησης, αλλά με «επιβολή» θρησκευτικής συνείδησης συγκεκριμένου περιεχομένου.
Αυτό όμως, προσθέτουν αντίκειται στις αρχές της θρησκευτικής ουδετερότητας και της πολυφωνίας που διέπουν την παροχή της εκπαίδευσης από το Κράτος και θέτει σε κίνδυνο το δικαίωμα του μαθητή να επιλέξει και να διαμορφώσει κριτικά ουσιώδες στοιχείο της προσωπικότητάς του και της αντίληψής του για τον κόσμο και τον άνθρωπο.
Επίσης, η μειοψηφία αναφέρει ότι η απόφαση του Νίκου Φίλη υπηρετεί τους σκοπούς της παροχής από το Κράτος θρησκευτικής εκπαίδευσης πολυφωνικής και αξιολογικά ουδέτερης, παρουσιάζει επαρκώς τη διδασκαλία της Ορθοδοξίας, όπως προβλέπει το Σύνταγμα και οι διατάξεις των διεθνών συμβάσεων.
Σημειώνεται ότι η πλειοψηφία της Ολομελείας του ΣτΕ έκρινε πολλαπλώς αντισυνταγματικές τις αλλαγές στο μάθημα των θρησκευτικών για το δημοτικό και το γυμνάσιο, για το λύκειο θα αποφανθεί χωριστά, επικαλούμενη τα άρθρα 16 και 13 του συντάγματος για την υποχρέωση του κράτους να εποπτεύει την παιδεία με σκοπό την διαμόρφωση εθνικής συνείδησης, προϋπόθεση της οποίας είναι η ενίσχυση της θρησκευτικής συνείδησης, κατά την απόφαση, αλλά και τις διατάξεις του συντάγματος περί θρησκευτικής ελευθερίας.
Επίσης κατά την απόφαση οι αλλαγές στα θρησκευτικά και ο τρόπος που έγιναν παραβίασαν και βασικές διατάξεις της Ευρωπαϊκής Σύμβασης για τα δικαιώματα του ανθρώπου. Η απόφαση της Ολομελείας για τα θρησκευτικά προκάλεσε σειρά αντιδράσεων.