Tην ακύρωση του νέου οργανισμού του υπουργείου Παιδείας για το σκέλος εκείνο που αφαιρέθηκε από την αποστολή του η «ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης» ζητούν με προσφυγή τους στο Συμβούλιο της Επικρατείας η Ιερά Μητρόπολης Πειραιά, ο Μητροπολίτης Πειραιά Σεραφείμ Μεντζελόπουλος, η «Πανελλήνια 'Ενωσις Θεολόγων», η «Εστία Πατερικών Μελετών» και δύο γονείς των οποίων τα παιδιά τους φοιτούν στο Δημοτικό σχολείο και στο Λύκειο.
Για την υπόθεση αυτή είναι η δεύτερη προσφυγή που κατατίθεται στο Ανώτατο Δικαστήριο, καθώς προ ημερών είχε προηγηθεί ανάλογη προσφυγή και από την Εκκλησία της Ελλάδος.
Οι προσφεύγοντες υποστηρίζουν ότι είναι αντίθετη τόσο στο άρθρο 16 του Συντάγματος, όσο και στην Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ), η παράλειψη του νέου οργανισμού του υπουργείου Παιδείας να εντάξει την ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης στους σκοπούς του.