Αποτέλεσε την πρώτη ιδιωτική αεροπορική εταιρεία στη χώρα. Γεννήθηκε ως μικρή εταιρεία που εκτελούσε πτήσεις VIP. Είκοσι χρόνια αργότερα και μετά από εξαγορές, συγχωνεύσεις, μελετημένες κινήσεις και απόκτηση ενδελεχούς γνώσης της αεροπορικής αγοράς, γιγαντώθηκε ανταγωνιζόμενη πλέον όλους τους μεγάλους ευρωπαϊκούς κολοσσούς.
Ολα ξεκίνησαν τον Ιανουάριο του 1992, όταν η Aegean Aviation έγινε η πρώτη ιδιωτική αεροπορική εταιρεία που απέκτησε άδεια αερομεταφορών. Δύο χρόνια αργότερα, η Aegean Aviation περιέρχεται στον όμιλο εταιρειών Βασιλάκη, ο οποίος επενδύει σε ιδιόκτητα LearJet για πτήσεις VIP. Τυπικά, η Aegean Airlines δημιουργείται τον Μάρτιο του 1999 με την ίδρυση της εταιρείας. Δύο μήνες αργότερα εκτελούνται οι πρώτες πτήσεις από την Αθήνα προς το Ηράκλειο και τη Θεσσαλονίκη με τα δύο καινούργια αεροσκάφη τύπου JET AVRO RJ100. Δύο νέοι προορισμοί (Ρόδος, Χανιά) προστίθενται στο δίκτυό της τον Ιούνιο. Αλεξανδρούπολη και Κέρκυρα εξυπηρετούνται από το τρίτο RJ που αποκτά η εταιρεία τον Οκτώβριο. Στο τέλος του ίδιου χρόνου εξαγοράζει την Air Greece, παραλαμβάνει ακόμη ένα αεροσκάφος και ξεκινά πτήσεις προς Μυτιλήνη.
Τον επόμενο Μάιο ο 11ος προορισμός της είναι η Σαντορίνη. Από τον Ιούλιο του 2000 ο στόλος της αποτελείται από 6 RJ, με τα οποία πετά σε 11 προορισμούς σε όλη τη χώρα με περισσότερες από 80 πτήσεις καθημερινά. Ανοίγει τα φτερά της στο εξωτερικό τον Απρίλιο του 2001, έχοντας ενώσει τις δυνάμεις της με την Cronus Airlines. Τον Οκτώβριο του 2003 αποτελεί την πρώτη ελληνική αεροπορική εταιρεία που παρέχει τη δυνατότητα έκδοσης ηλεκτρονικού εισιτηρίου. Τον Νοέμβριο του 2005 ξεκινά πτήσεις κοινού κωδικού με τη Lufthansa. Τον Δεκέμβριο του ίδιου χρόνου παραγγέλνει τα 8 πρώτα Α320 της Airbus. Στις αρχές του 2008 η παραγγελία της εταιρείας προς την Airbus περιλαμβάνει 27 Α320 και 321. Προχωρά σε συμφωνία για την εξαγορά της Olympic Air τον Φεβρουάριο του 2010, ενώ τον Ιούνιο του ίδιου χρόνου γίνεται μέλος της Star Alliance. Τον Οκτώβριο του 2013, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή Ανταγωνισμού εγκρίνει την εξαγορά της Olympic Air από την Aegean, η οποία ολοκληρώνεται λίγες ημέρες αργότερα.
Τον Απρίλιο του 2018 ανακοινώνει την αγορά του αιώνα. Προχωρά στην παραγγελία έως και 42 αεροσκαφών από την γαλλογερμανική Airbus. Αφού τάραξε τα νερά μεταξύ των δύο μεγάλων κατασκευαστών αεροσκαφών οι οποίοι κονταροχτυπήθηκαν επί μήνες προκειμένου να κερδίσουν την παραγγελία μαμούθ για τα μεγέθη της ελληνικής αεροπορικής αγοράς, πέτυχε τους καλύτερους δυνατούς όρους με την υφιστάμενη συνεργάτιδά της Airbus. Το ύψος της επένδυσης που ανέρχεται σε περίπου 5 δισ. δολάρια και δεν θα χρηματοδοτηθεί από τις τράπεζες σηματοδοτεί την είσοδο της εταιρείας σε μια νέα εποχή.
Στην παρούσα φάση, το ερχόμενο καλοκαίρι, η Aegean θα δραστηριοποιείται σε ένα δίκτυο 153 προορισμών, σε 44 χώρες, διαθέτοντας 16,6 εκατ. θέσεις, ενισχυμένες κατά 700.000 θέσεις σε σχέση με το 2017. Στο μεταξύ, θα επιχειρεί με 3 νέα αεροσκάφη (2 καινούργια και ένα το οποίο θα μεταφέρει στην Αθήνα από την Κύπρο) αγγίζοντας τα 49.