Παρότι ο Μπομπ Γκέιτς εγκατέλειψε το Πεντάγωνο στις αρχές Ιουλίου, η νέα ομάδα εθνικής ασφαλείας, η οποία ανέλαβε τα ηνία, αποτελεί δημιούργημα του Γκέιτς, αντικατοπτρίζοντας την ασυνήθιστα μεγάλη επιρροή που απέκτησε ένας Ρεπουμπλικανός υπουργός Αμυνας στις επιλογές προσωπικού και πολιτικής της κυβέρνησης Ομπάμα.
Οι προτάσεις του Γκέιτς για τις περισσότερες ανώτατες θέσεις στο Πεντάγωνο έγιναν δεκτές. Ακόμη σημαντικότερο, όσοι θεωρήθηκαν ανίκανοι για αρμονική συνεργασία από τον Γκέιτς, εγκαταλείφθηκαν από τον Λευκό Οίκο, ανεξάρτητα εάν αρχικά είχαν αντλήσει την υποστήριξή τους από κύκλους της προεδρίας. Αυτό συνέβη με τον στρατηγό Τζέιμς Κάρτραϊτ, πρώην υπαρχηγό ΓΕΕΘΑ, που παρακάμφθηκε στις προαγωγές, καθώς ο Γκέιτς τον θεώρησε ακατάλληλο για την ηγεσία.
Ο νέος υπουργός Αμυνας, Λίον Πανέτα, θα ηγηθεί ομάδας, που διακρίνεται για τη χαλαρότητα και την καλή διάθεση, δύο αρετές τις οποίες ο Γκέιτς εκτιμούσε ιδιαίτερα. Το ερώτημα, όμως, αφορά την ικανότητα της νέας ομάδας να πει «όχι» στους γραφειοκράτες του Πενταγώνου, γνωστούς για την ικανότητά τους να συναλλάσσονται με πολιτικούς και την αναβλητικότητά τους. Το μυστικό του Γκέιτς βρισκόταν στην ικανότητά του να αποδίδει ευθύνες με δίκαιο τρόπο, αλλά και να προκαλεί το δέος των υφισταμένων του, με αιχμηρά αλλά χαριτωμένα αστεία. Το ταλέντο αυτό δεν θα βρει εύκολα μιμητές.
Ο Γκέιτς αποφάσισε πέρυσι ότι ο Πανέτα θα ήταν ο κατάλληλος διάδοχός του. Ως διευθυντής της CIA, ο Πανέτα συμμετείχε σε κάθε σημαντική απόφαση από τις αρχές του 2009 και ένθεν. Ο Γκέιτς εντυπωσιάστηκε επίσης από το πόσο σκληρά πολέμησε ο Πανέτα για να προστατεύσει το προσωπικό της CIA. Πίστεψε έτσι ότι ο νέος υπουργός Αμυνας θα γινόταν ο καλύτερος υποστηρικτής των συμφερόντων των στρατιωτών, όπως άλλωστε ήταν και ο ίδιος ο Γκέιτς, που έχει ξεσπάσει σε λυγμούς σε τελετή παρασημοφόρησης.
Αλλο ένα σημαντικό πλεονέκτημα του Πανέτα θεωρήθηκε η πείρα του σε θέματα προϋπολογισμού, ως πρώην διευθυντής του Γραφείου Διαχείρισης και Προϋπολογισμού (OMB). Ενώ ο Γκέιτς διορίστηκε το 2006 στο Πεντάγωνο για να «διορθώσει» το Ιράκ, η άμεση προτεραιότητα του Πανέτα θα είναι η «επιδιόρθωση» του αμυντικού προϋπολογισμού, διαχειριζόμενος τις μειώσεις δαπανών κατά τέτοιο τρόπο, ώστε αυτές να μην πλήξουν την αμερικανική ασφάλεια. Η αποστολή αυτή είναι δύσκολη και θα δοκιμάσει τις αντοχές του Λίον Πανέτα. Ο Γκέιτς είχε ανακαλύψει τη χρυσή τομή, υποστηρίζοντας τους απλούς στρατιώτες και αποδίδοντας ευθύνες, όταν έπρεπε, σε ανώτατους αξιωματικούς. Αυτό θα δυσκολέψει ιδιαίτερα τον Πανέτα, η αρχική αντίδραση του οποίου στην επίθεση κατά της βάσης της CIA στην επαρχία Χοστ του Αφγανιστάν, τον Δεκέμβριο του 2009, ήταν να απορρίψει ορισμένες εύστοχες επικρίσεις για τις απρόσεκτες συνήθειες πρακτόρων της CIA. Ο Πανέτα θα είναι άραγε ικανός να αναλάβει δράση, αφού ολοκληρωθεί η έρευνα γύρω από την κατάρριψη του ελικοπτέρου «Σινούκ» στο Αφγανιστάν, που στοίχισε τη ζωή σε 22 μέλη της επίλεκτης ομάδας SEAL του πολεμικού ναυτικού των ΗΠΑ;
Η σφραγίδα του Γκέιτς είναι εμφανής στην επιλογή του ναυάρχου Μάρτιν Ντέμπσι για να αντικαταστήσει τον ναύαρχο Μάικ Μάλεν στη θέση του αρχηγού ΓΕΕΘΑ. Εδώ και μήνες, όλα έδειχναν ότι ο στρατηγός Κάρτραϊτ, ο διανοούμενος πεζοναύτης, θα εξασφάλιζε τον θώκο. Ο πρόεδρος Ομπάμα και οι στενοί σύμβουλοί του ήταν ενθουσιώδεις με τον τρόπο με τον οποίο ο Κάρτραϊτ τους εξήγησε τη λειτουργία περίπλοκων αμυντικών συστημάτων.
Το πρόβλημα του Κάρτραϊτ, όμως, σύμφωνα με ανώτατα κυβερνητικά στελέχη, ήταν ότι απέκτησε φήμη «μοναχικού καβαλάρη», που αντιμετώπιζε ενίοτε προβλήματα στη συνεργασία του με συναδέλφους. Η στήριξή του σε σχέδιο περιορισμένης αντιτρομοκρατικής εκστρατείας στο Αφγανιστάν το 2009, σε αντίθεση με τις μαξιμαλιστικές προτάσεις των Γκέιτς και Μάλεν, συζητήθηκε ευρέως. Το πρόβλημα, όμως, ήταν βαθύτερο. Η σχέση του Κάρτραϊτ με τον Μάλεν ήταν προβληματική, ενώ οι άλλοι επικεφαλής σωμάτων εξέφρασαν αμφιβολίες κατά πόσον ο στρατηγός των πεζοναυτών θα αποτελούσε αξιόπιστο υποστηρικτή των θέσεών τους. Ακόμη και στο επίπεδο των στρατηγών τεσσάρων αστέρων, οι αντιζηλίες και τα χτυπήματα κάτω από τη μέση είναι κοινά.
Αυτό που εντέλει καταδίκασε τον Κάρτραϊτ ήταν ότι ο Γκέιτς τάχθηκε στο πλευρό των επικριτών του στρατηγού των πεζοναυτών, αλλά και το ότι ο πεζοναύτης αποκαλύφθηκε να συμβουλεύει τον Λευκό Οίκο πίσω από την πλάτη των ανωτέρων του.Αυτή είναι η στιγμή που ο Ντέμπσι αναδείχθηκε σε πιθανό διάδοχο του Μάλεν. Οι φήμες που ήθελαν τον Κάρτραϊτ να υποκύπτει σε εκστρατεία ψιθυριστών είναι εσφαλμένες, ο Γκέιτς πέτυχε απλώς να πείσει τον Λευκό Οίκο ότι ο Ντέμπσι θα αποτελούσε καλύτερο ηγέτη.
Ο Γκέιτς υπήρξε ένας από τους αποτελεσματικότερους υπουργούς Αμυνας της σύγχρονης εποχής. Προσπάθησε στους τελευταίους μήνες να παραδώσει ένα Πεντάγωνο «στην εικόνα του», αν και το πραγματικό συστατικό της επιτυχίας του ήταν η ίδια η προσωπικότητά του.