Τίποτα δεν προμήνυε την τραγική κατάληξη που θα είχε το μοιραίο αεροσκάφος των Αιγυπτιακών Αερογραμμών καθ’ όλη τη διάρκεια της πορείας του στον ελληνικό εναέριο χώρο. Στις 2.24 π.μ. χθες εισήλθε στο FIR Αθηνών το Airbus (Α320) των Αιγυπτιακών Αερογραμμών καθώς εκτελούσε το δρομολόγιο Παρίσι – Κάιρο. Η τυπική διαδικασία αναγνώρισης και εξουσιοδότησης της πτήσης MSR804 από τον αρμόδιο ελεγκτή εναέριας κυκλοφορίας για την πορεία του αεροσκάφους πραγματοποιήθηκε κανονικά χωρίς την παραμικρή υπόνοια προβλήματος. Σχεδόν είκοσι λεπτά αργότερα (2.48 π.μ.) μεταβιβάστηκε στον επόμενο τομέα ελέγχου και εξουσιοδοτήθηκε από τον αρμόδιο ελεγκτή για το σημείο εξόδου από το FIR Αθηνών.
Σύμφωνα με την Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας, ο κυβερνήτης του αεροσκάφους ήταν ευδιάθετος και ευχαρίστησε μάλιστα τους ελεγκτές στα ελληνικά. Στις 3.27 π.μ. το Κέντρο Ελέγχου Περιοχής Αθηνών προσπάθησε να επικοινωνήσει με το αεροσκάφος για να μεταβιβάσει την επικοινωνία και τον έλεγχο από το FIR Αθηνών στο FIR Καΐρου, όπως επιβάλλουν οι διαδικασίες. Παρά τις επανειλημμένες κλήσεις, το αεροσκάφος δεν ανταποκρίθηκε και ο ελεγκτής εναέριας κυκλοφορίας κάλεσε στη συχνότητα κινδύνου χωρίς απόκριση από την πλευρά του αεροσκάφους. Αμεσα ζητήθηκε η συνδρομή των ραντάρ της Πολεμικής Αεροπορίας για πιθανό εντοπισμό στόχου, χωρίς αποτέλεσμα. Στις 3.45 π.μ. ενεργοποιήθηκαν οι διαδικασίες έρευνας και διάσωσης μέσω ΕΚΣΕΔ, ΕΚΑΕ και ΚΕΝΑ, με παράλληλη ενημέρωση του Κέντρου Ελέγχου Περιοχής Καΐρου.
Στο μεταξύ, συντρίμμια ή σωσίβια εντόπισε αιγυπτιακό αεροσκάφος τύπου C-295, το οποίο ερευνούσε από αέρος τη θαλάσσια περιοχή περίπου 200 μίλια νοτιοανατολικά της Κρήτης. Το υπουργείο Εθνικής Αμυνας επιβεβαίωσε λίγη ώρα αργότερα ότι εντοπίστηκαν πλαστικά αντικείμενα με σκοινιά, 50 μίλια από το σημείο που χάθηκε το ίχνος του αεροσκάφους. Λίγες ώρες αργότερα, όμως, ο Ελληνας επικεφαλής της Επιτροπής Διερεύνησης Ατυχημάτων δήλωνε ότι αυτά δεν ανήκουν σε αεροσκάφος.
Στο πλαίσιο της επιχείρησης έρευνας-διάσωσης, που βρίσκεται σε εξέλιξη στη θαλάσσια περιοχή 130 ναυτικά μίλια νοτιοανατολικά Καρπάθου από πλευράς ελληνικών Ειδικών Δυνάμεων έχουν διατεθεί τα ακόλουθα μέσα:
• Στην περιοχή επιχειρούν ήδη ένα αεροσκάφος C-130 και το αεροσκάφος εγκαίρου προειδοποιήσεως EMB-145 H. Επίσης ένα C-130 που κινούνταν βορείως της Κρήτης κατευθύνθηκε στην περιοχή.
• Η φρεγάτα «Νικηφόρος Φωκάς» κινήθηκε προς το σημείο του συμβάντος.
• Εχει μετασταθμεύσει ένα ελικόπτερο (Super Puma) και κινήθηκε για μεταστάθμευση ακόμη ένα (S-70) στην Κάρπαθο και βρίσκεται σε ετοιμότητα.