Με κείμενό της η Ακαδημία Αθηνών τοποθετείται στο θέμα της ονομασίας της ΠΓΔΜ, επικαλούμενη την επιστημονική αποστολή της και τονίζοντας ότι η οριστική επίλυση είναι εφικτή εφόσον και μόνον βασιστεί στην επακριβή στάθμιση των πραγματικών δεδομένων. Μεταξύ άλλων, η Ακαδημία αναφέρει:
1. Η Μακεδονία αποτελεί σήμερα γεωγραφική ζώνη, τα όρια της οποίας εκτείνονται σε περισσότερα του ενός κράτη της ΝΑ Ευρώπης. Το αρχαίο ελληνικό όνομα «Μακεδονία» φέρει μια συγκεκριμένη περιφέρεια της σύγχρονης Ελλάδος. Υπό το όνομα Σοσιαλιστική Δημοκρατία της Μακεδονίας λειτούργησε ένα από τα ομόσπονδα κράτη που συναποτελούσαν την πρώην Γιουγκοσλαβία. Το όνομα όμως της Μακεδονίας έφερε, αρχικά, επί μακρούς αιώνες κατά την αρχαιότητα, η περιοχή, η οποία ταυτίζεται -κατά περίπου 90%- με τη σημερινή ελληνική επαρχία της Μακεδονίας. Η τυχόν απόδοση του ονόματος αυτού σε ένα ανεξάρτητο κράτος, χωρίς ειδικότερο προσδιορισμό που να αντανακλά σαφώς τις γεωγραφικές και ιστορικές αυτές πραγματικότητες, συνεπάγεται τον κίνδυνο να διεκδικήσει το συγκεκριμένο κράτος, και μάλιστα κατ’ αποκλειστικότητα, τη χρήση του όρου «Μακεδονία» ή των παραγώγων του στην ιστορία, τον πολιτισμό, τις εκδηλώσεις της καθημερινής πολιτικής και κοινωνικής ζωής κ.λπ.
2. Συγκεκριμένα, η κλασική Μακεδονία του Φιλίππου και του Μεγάλου Αλεξάνδρου εκτεινόταν προς βορρά στα εδάφη της σημερινής ελληνικής Μακεδονίας, καθώς και σε ολίγα χιλιόμετρα εντός της ΠΓΔΜ και της Βουλγαρίας. Μέσω κάθε μορφής ιστορικών πηγών και αρχαιολογικών ευρημάτων μαρτυρείται ότι οι τότε Μακεδόνες συμπεριελάμβαναν την επικράτειά τους μεταξύ των άλλων ελληνικών χωρών. Τα πρώτα σλαβικά φύλα, τα οποία, αυτονόητα, ουδεμία είχαν σχέση με τους παλαιότερους κατοίκους της περιοχής, κατήλθαν στη Βαλκανική μετά δέκα αιώνες, κατά τον 7ο μ.Χ. αιώνα. Η παραμονή τους έκτοτε στο νότιο τμήμα της χερσονήσου συνέβαλε στη βαθμιαία διαμόρφωση των σλαβικών εθνών χωρίς να υπάρξει έως τη σύσταση, κατά τον 19ο αιώνα, και την πρώτη ανάπτυξη των σλαβικών κρατών της περιοχής -της Σερβίας, του Μαυροβουνίου και της Βουλγαρίας- αναφορά σε ιδιαίτερο «Μακεδονικό» έθνος. Η ύπαρξή του επιδιώχθηκε να τεκμηριωθεί στο πλαίσιο της συγκρότησης από τον στρατάρχη Τίτο της νέας Ομοσπονδιακής Γιουγκοσλαβίας κατά την επαύριο του Β΄ Παγκόσμιου Πολέμου.
3. Η «γεωγραφική» έννοια που έχει προσδοθεί στον όρο Μακεδονία υπήρξε ανεξάρτητα από οποιαδήποτε εθνολογική, κρατική ή, έστω, και διοικητική διαίρεση στον χώρο της νότιας Βαλκανικής.
4. Τα διδάγματα που θα ήταν νοητό να αντληθούν από την έγκυρη αναφορά στο ιστορικό παρελθόν συμπίπτουν με την επιβεβλημένη συνηγορία υπέρ της επιβολής λύσης εξυπηρετικής για τη σταθερότητα και την ειρήνη της περιοχής. Η ανακίνηση παρωχημένων επεκτατικών βλέψεων θα συνδυαζόταν μοιραία με την τεχνητή κατασκευή μιας και μόνης Μακεδονίας. Αντίθετα, η συστηματική έρευνα καταδεικνύει ότι η θεραπεία της αλήθειας, αλλά και η εξυπηρέτηση των σύγχρονων αναγκών της συγκεκριμένης γεωγραφικής ζώνης, καθώς και του ευρύτερου χώρου που την περιβάλλει, υπαγορεύει την εξεύρεση σύνθετης ονομασίας με περιεχόμενο γεωγραφικό, η οποία θα λαμβάνει υπόψη τη διαφοροποίηση μεταξύ της αρχαίας Μακεδονίας και του κράτους της ΠΓΔΜ. Σήμερα, το ζωηρό ενδιαφέρον των Ελλήνων δεν υποδηλώνει την επιθυμία να προσβάλουν δικαιώματα, έστω και πρόσφατα κεκτημένα, των βόρειων γειτόνων τους: Επί του θέματος αυτού, σαφής είναι η στάση της υπεύθυνης κυβέρνησης και του συντριπτικά μείζονος τμήματος του πολιτικού κόσμου της Ελλάδος. Υποδηλώνει όμως την ανησυχία της κοινής γνώμης ενώπιον μας ακραίας πρόκλησης από την πλευρά των Σκοπίων, τα οποία τείνουν -όπως αποδεικνύουν ακόμη και τα εν ισχύι διδακτικά εγχειρίδια- όχι μόνο να οικειοποιηθούν, αλλά και να μονοπωλήσουν την ιστορία, τα πολιτιστικά επιτεύγματα, τα σύμβολα -ακόμη και τα αρχαία-, τα μνημεία και τα πρόσωπα που έδρασαν κατά το παρελθόν στον μακεδονικό χώρο. Είναι αυτονόητο ότι η εκδήλωση καλής θέλησης από την πλευρά οποιασδήποτε ελληνικής κυβέρνησης δεν αρκεί για να υπερκεράσει καθαυτό το γεγονός ή τις επιπτώσεις ενός ανάλογου εθνικιστικού παροξυσμού που έχει τεχνηέντως καλλιεργηθεί κατά τη μεταπολεμική περίοδο.