Εκστρατεία για την πάταξη της τρομοκρατίας, με στόχο τη δολοφονία ηγετών του ISIS έχει εξαπολύσει η Κοινή Διοίκηση Ειδικών Επιχειρήσεων (JSOC) σε συνεργασία με τη CIA, εκτελώντας πτήσεις μη επανδρωμένων αεροσκαφών πάνω από τη Συρία. Το πρόγραμμα, το οποίο σηματοδοτεί τη μεγαλύτερη εμπλοκή των αμερικανικών μυστικών υπηρεσιών στη διαχείριση της συριακής εμφύλιας σύγκρουσης, έχει οδηγήσει σε αρκετά επιτυχημένα χτυπήματα ενάντια σε επιφανή στελέχη, σύμφωνα με δηλώσεις ανώτατων αξιωματούχων. Ανάμεσα στους νεκρούς βρίσκεται και ένας Βρετανός μαχητής του ISIS, ο οποίος θεωρείται ο «αρχιτέκτονας» των προσπαθειών της οργάνωσης να πυροδοτήσει επιθέσεις κατά των ΗΠΑ μέσω των social media.
Παρά τη συμμετοχή του Κέντρου Αντιτρομοκρατίας (CTC) στην αναγνώριση και στον εντοπισμό των σημαντικών προσωπικοτήτων του ISIS, οι Αμερικανοί αξιωματούχοι λένε ότι οι βομβαρδισμοί εκτελούνται αποκλειστικά από την JSOC. Η επιλογή να συμπεριληφθεί η CIA και η JSOC στην υλοποίηση του προγράμματος αντανακλά τη διάχυτη ανησυχία για το μέγεθος της επικινδυνότητας του ISIS. Την ίδια στιγμή, υποδηλώνει τη δυσαρέσκεια για την αποτυχία των συμβατικών αεροπορικών βομβαρδισμών να αποδυναμώσουν τους εξτρεμιστές. Η κυβέρνηση Ομπάμα αποφάσισε να στραφεί στα δοκιμασμένα αντιτρομοκρατικά της όπλα. Το CTC θεωρείται πρωτοπόρο στη χρήση μη επανδρωμένων αεροσκαφών και ηγήθηκε της έρευνας για τον εντοπισμό του Μπιν Λάντεν. Μονάδα ελίτ των κομάντο της JSOC ευθύνεται για την εξουδετέρωση του ηγέτη της Αλ Κάιντα. H πρόκληση του ISIS, ωστόσο, είναι μεγαλύτερη, αφού διαθέτει μεγάλη έκταση εδαφών, φαινομενικά ατελείωτους στρατολογημένους μαχητές και μία σειρά ανώτατων διοικητών με παρελθόν στον ιρακινό στρατό επί Σαντάμ Χουσεΐν.
Η ανάμειξη της CIA συγκρούεται με την απόπειρα του Ομπάμα να επαναφέρει την υπηρεσία πληροφοριών στον αρχικό χαρακτήρα της, ώστε να μην συνεχισθεί η εξέλιξή της σε παραστρατιωτική δύναμη. Η Συρία αποτελεί το νέο μέτωπο σε μία ευρύτερη εκστρατεία μυστικών επιχειρήσεων και χτυπημάτων, στην οποία περιλαμβάνονται το Πακιστάν, η Υεμένη, η Σομαλία και περιοχές της Βορείου Αφρικής. Ο εκπρόσωπος του Εθνικού Συμβουλίου Ασφαλείας του Λευκού Οίκου, Πίτερ Μπούγκααρντ, είπε ότι η αύξηση της διαφάνειας στις αντιτρομοκρατικές επιχειρήσεις συνεχίζει να αποτελεί στόχο της κυβέρνησης Ομπάμα. Ο ίδιος εξήγησε ότι αυτό θα συμβεί έτσι ώστε να μην επηρεασθεί η αντιτρομοκρατική ισχύς των ΗΠΑ.
Ο Λευκός Οίκος αποπειράθηκε τους τελευταίους μήνες να αναβιώσει τα σχέδια για το πέρασμα του ελέγχου των επιχειρήσεων με μη επανδρωμένα αεροσκάφη στο Πεντάγωνο. Η Επιτροπή Πληροφοριών της Γερουσίας, όμως, απάντησε με μία απόρρητη επιστολή κατά αυτής της προσπάθειας που θα μείωνε τον ρόλο που διαδραματίζει η CIA στον εντοπισμό τρομοκρατών. Για τους κυβερνητικούς αξιωματούχους η προσέγγιση του συριακού προβλήματος καθιστά πιο πιθανή την επιτυχή εφαρμογή της πολιτικής Ομπάμα. Τουλάχιστον στη Συρία, η υπηρεσία θα παραμείνει αναμεμειγμένη, και η JSOC θα ολοκληρώνει τις επιχειρήσεις. Αυτό το μοντέλο συνεργασίας θεωρείται όλο και περισσότερο κατάλληλο, ώστε να εφαρμοσθεί σε μελλοντικές συγκρούσεις.