Σύμφωνα με το ΙΟΒΕ, η Δημόσια Διοίκηση δίνει την πιο χαρακτηριστική εικόνα της παθογένειας του ελληνικού κράτους. Το σημαντικότερο ίσως πρόβλημα στη λειτουργία της είναι το θεσμικό περιβάλλον που επιβάλλει την κεντρική ευθυγράμμιση των δαπανών με τους διαθέσιμους πόρους και όχι με βάση το έργο που πρέπει να πραγματοποιηθεί από τους επιμέρους φορείς της (υπουργεία, υπηρεσίες). Απ’ αυτήν τη βασική αδυναμία πηγάζουν το υψηλό κόστος των δημοσίων υπηρεσιών, η ελλιπής αποτίμηση αυτού του κόστους και η αδυναμία μέτρησης της παραγωγικότητας των υπηρεσιών, με αποτέλεσμα τη χαμηλή ποιότητα και κακή εξυπηρέτηση των πολιτών. Ενα δεύτερο εξίσου σημαντικό ζήτημα είναι οι πελατειακές σχέσεις που κυριάρχησαν για πολλά χρόνια στο πολιτικό σύστημα και εξακολουθούν να το επηρεάζουν. Βάσει των πελατειακών σχέσεων υπήρξε η ευνοϊκότερη πρόσβαση για απασχόληση στον δημόσιο τομέα, που οδήγησε σε αδιαφανείς, αναξιοκρατικές και υπερβολικές προσλήψεις, με αποτέλεσμα τη διόγκωση του διοικητικού μηχανισμού. Οι πελατειακές αυτές σχέσεις, εξάλλου, προσδιόριζαν, τις περισσότερες φορές τον τρόπο εξέλιξης των δημοσίων υπαλλήλων στη διοικητική ιεραρχία, εκτρέφοντας έτσι ακόμα περισσότερο τα φαινόμενα αναξιοκρατίας και αδιαφάνειας, καθώς μεγαλύτερη σημασία είχε «με ποιους είσαι» και όχι «τι παράγεις». Το σύστημα αυτό υποχωρεί μεν σταδιακά, έχει όμως αφήσει μια βαριά κληρονομιά, που εξακολουθεί να επηρεάζει καθοριστικά την κουλτούρα της Δημόσιας Διοίκησης.
Τα προβλήματα αυτά αναδεικνύουν με σαφήνεια τους στόχους των επιβαλλόμενων αλλαγών που είναι: μια Δημόσια Διοίκηση μικρότερη σε μέγεθος, αποδοτικότερη σε λειτουργία, απλούστερη στις διαδικασίες, αξιοκρατική στη στελέχωση, ευέλικτη, για να συμβαδίζει με τις αλλαγές και αποτελεσματικότερη για να εφαρμόζει τις επιλογές της κυβέρνησης.