Με «ομάδα Α» την Κέρκυρα και «ομάδα Β» τη Βέροια πραγματοποιήθηκε η κλήρωση του νέου πρωταθλήματος της Σούπερ Λίγκας. Η απόφαση, που οφείλεται στις ανοιχτές υποθέσεις αυτών των ομάδων στα πειθαρχικά όργανα του ποδοσφαίρου, ελήφθη διά περιφοράς από 12 ομάδες. Λευκό ψήφισε ο Αστέρας, ενώ δεν ψήφισε ο Ατρόμητος.
Η Κέρκυρα αντιμετωπίζει κίνδυνο υποβιβασμού, λόγω της απόφασης της Επιτροπής Επαγγελματικού Αθλητισμού, η οποία εισηγήθηκε την αποβολή της ομάδας από το πρωτάθλημα, λόγω εικονικής μεταβίβασης μετοχών.
Η Βέροια, η οποία κατηγορούνταν για προκαθορισμό αποτελέσματος του αγώνα με τον Ολυμπιακό που διεξήχθη στις 6/1/2013, αθωώθηκε, όπως και οι επίσης κατηγορούμενοι Γ. Αρβανιτίδης και Γ. Λαναρής σε πρώτο και σε δεύτερο βαθμό, όμως ο Λεβαδειακός «προσέφυγε στο Διαιτητικό Δικαστήριο της ΕΠΟ, κατά της αποφάσεως της Επιτροπής Εφέσεων της ΕΠΟ για την ΠΑΕ Βέροια».
Κλειδάριθμους για να μην παίζουν εντός έδρας την ίδια αγωνιστική, έπειτα από αιτήματα του καναλιού που έχει τα τηλεοπτικά δικαιώματα, θα πάρουν οι Ολυμπιακός, Ατρόμητος και Αστέρας Τρίπολης, ενώ, έπειτα από αίτημα της αστυνομίας για λόγους ασφαλείας, κλειδάριθμους θα πάρουν οι Παναθηναϊκός και ΑΕΚ, ΠΑΟΚ και Ηρακλής.
Στις πρώτες αγωνιστικές, όπως γίνεται τα τελευταία χρόνια, αποφεύχθηκαν τα ντέρμπι, ενώ, κατά τον καταρτισμό του προγράμματος, δεν θα ορίζονται την ίδια ημέρα ο Παναθηναϊκός με τον Ολυμπιακό, όταν παίζουν και οι δύο εντός έδρας.
Κατά τη διαδικασία της κλήρωσης, ο πρόεδρος της Σούπερ Λίγκας, Γ. Μποροβήλος, αναφέρθηκε στις αλλαγές που έγιναν στον πειθαρχικό κώδικα και στους κανονισμούς της ΕΠΟ, υποστηρίζοντας, μεταξύ άλλων, τα εξής: «Θα διακόπτονται αγώνες για ρίψεις φωτοβολίδων και εισβολή φιλάθλων στον αγωνιστικό χώρο.
Δεν θα υπάρχει πλέον η ποινή μη ορισμού αγώνα για οφειλές, αλλά η αφαίρεση βαθμών.
Θα υπάρχει και τρίτος βαθμός επίλυσης διαφορών για συγκεκριμένες ποινές. Θα αντιμετωπίζονται πλέον όλες οι περιπτώσεις προσφυγής ομάδας στον πτωχευτικό κώδικα, αλλά και οι περιπτώσεις που μια ομάδα δεν δηλώνει συμμετοχή στην κατηγορία που δικαιούται ή αποχωρεί από μια διοργάνωση που είναι σε εξέλιξη. Ετσι, αποτρέπεται πλέον το φαινόμενο ομάδων να αποχωρούν από το πρωτάθλημα ή να επιλέγουν την κατηγορία που θα αγωνισθούν.
Δημιουργείται η Επιτροπή Δεοντολογίας, η οποία θα ερευνά επώνυμες ή ανώνυμες καταγγελίες. Θα υποβιβάζονται οι δύο τελευταίοι διαιτητές στη βαθμολογία διαιτητών».
Συνεχόμενες «κλειστές στροφές» περιμένουν τον ΠΑΟΚ (4η αγωνιστική με ΑΕΚ, 5η με Ατρόμητο στο Περιστέρι, 6η με Ολυμπιακό, 8η με ΠΑΟ και 9η με Αστέρα στην Τρίπολη), τον Παναθηναϊκό (8η με ΠΑΟΚ, 9η με ΑΕΚ, 10η με Ατρόμητο στο Περιστέρι και 11η με Ολυμπιακό), τον Ολυμπιακό (6η με ΠΑΟΚ, 7η με ΑΕΚ και 8η με Ατρόμητο στο Περιστέρι), αλλά και την ΑΕΚ (7η με Ολυμπιακό και 9η με Παναθηναϊκό).