Aστήριχτες χαρακτηρίζει το υπουργείο Περιβάλλοντος και Ενέργειας τις καταγγελίες για τη διαδικασία υποβολής αιτήσεων στο «Εξοικονομώ – Αυτονομώ», ενώ διαβεβαιώνει ότι παρακολουθεί στενά τη διαδικασία και τις αιτήσεις που υποβάλλονται και προβαίνει συνεχώς σε όλους τους απαραίτητους ελέγχους για την άρτια και ορθή διεξαγωγή του προγράμματος. Ειδικότερα, το υπουργείο, με ανακοίνωση που εξέδωσε σε απάντηση σχετικού δημοσιεύματος, διευκρινίζει:
Πρώτον, με το που άρχισαν να διακινούνται φήμες και σενάρια περί χρήσεως παράνομου λογισμικού, το υπουργείο επικοινώνησε άμεσα με την εξειδικευμένη εταιρεία πληροφορικής με την οποία έχει συμβληθεί και η οποία έχει την ευθύνη για το πληροφοριακό σύστημα. Η εταιρεία υπογράμμισε ότι η ίδια η δομή του πληροφοριακού συστήματος –και οι προδιαγραφές ασφαλείας που ενσωματώνει– αποκλείουν την πρόσβαση στη βάση δεδομένων από εργαλεία ή εξωτερικές πηγές. Επομένως, τα καταγγελλόμενα στο δημοσίευμα περί «χακαρίσματος» του συστήματος επιλογής αιτήσεων μέσω «πειραγμένου λογισμικού» δεν προκύπτουν από πουθενά και είναι εκτός πραγματικότητας.
Δεύτερον, η υποβολή της αίτησης δεν αυτοματοποιείται πλήρως. Διότι υπάρχουν αρκετά σημεία τα οποία για να συμπληρωθούν απαιτείται ανθρώπινη παρέμβαση (ανάρτηση αρχείων, διεπαφή με τρίτα συστήματα κ.λπ.). Σύμφωνα με τις διαβεβαιώσεις που δόθηκαν για άλλη μια φορά από τον ανάδοχο του πληροφοριακού συστήματος, τα απαιτούμενα βήματα για την υποβολή της αίτησης ένταξης υλοποιούνται μέσα από την πλατφόρμα και «περνούν» από όλα τα απαιτούμενα στάδια και ελέγχους που προβλέπει το πληροφοριακό σύστημα, χωρίς να παρακάμπτεται κανένα. Υπάρχουν, με άλλα λόγια, ισχυρές δικλίδες ασφαλείας σε διάφορα στάδια της διαδικασίας, οι οποίες εγγυώνται τη διαφάνεια και τη νομιμότητά της.