Την κατηγορία ότι ζημίωσε τους ομολογιούχους του ιδιωτικού τομέα κατά την αναδιάρθρωση του ελληνικού χρέους το 2012 μέσω μυστικής συμφωνίας ανταλλαγής ομολόγων που συνήψε με την Ελλάδα, αντιμετωπίζει η ΕΚΤ στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο, όπου εκδικάζεται η δεύτερη αγωγή που υπέβαλαν εναντίον της τουλάχιστον 210 Ιταλοί επενδυτές μετά την αρχική της απόρριψη. Οι εν λόγω επενδυτές τής προσάπτουν πως με τη μυστική αυτή συμφωνία διασφάλισε για τα δικά της ομόλογα το καθεστώς του πιστωτή άμεσης προτεραιότητας σε βάρος των υπολοίπων.
Σύμφωνα με τον Τζιαντζουζέπε Σάνα, δικηγόρο των Ιταλών επενδυτών, η ΕΚΤ «είναι υπόλογη για κακοδιαχείριση» καθώς «έχοντας κάλυψη ως μέλος της τρόικας έπαιξε τον ρόλο του επενδυτή και απέφυγε τις ζημίες, που στη συνέχεια έπεσαν στις πιο αδύναμες ομάδες πιστωτών». Σύμφωνα, άλλωστε, με τον Στέφανο Σούτι, επίσης δικηγόρο των ομολογιούχων, η ΕΚΤ παραπλάνησε το κοινό καλλιεργώντας ψευδείς ελπίδες ότι η κατάσταση ήταν εξαιρετικά καλή και θα απέφερε πολύ υψηλές αποδόσεις επί των επενδύσεων, ενώ καθησύχαζε τους επενδυτές δημιουργώντας παραπλανητικές εντυπώσεις ότι βρίσκεται στην ίδια μοίρα μαζί τους και πως είναι και η ίδια πιστωτής.
Από την πλευρά της, η ΕΚΤ απορρίπτει ως «απαράδεκτη» την αγωγή, ενώ ο δικηγόρος της, Ενρίκο Καστεγιάνι, επισήμανε πως «το μετέδωσαν τα ΜΜΕ και το περιέγραψαν με κάθε λεπτομέρεια» και επομένως «δεν μπορεί να μιλήσει κανείς περί μυστικής ή αδιαφανούς συμπεριφοράς». Ο κ. Καστεγιάνι επισημαίνει μάλιστα πως ουδέποτε έδωσε υποσχέσεις η ΕΚΤ, απλώς «εκφράστηκαν απόψεις περί του ποια θα ήταν κάλλιστη δυνατή εξέλιξη της κατάστασης». Τόσο η ΕΚΤ όσο και οι εθνικές κεντρικές τράπεζες της Ευρωζώνης απέφυγαν τις ζημίες από την αναδιάρθρωση του ελληνικού χρέους ανταλλάσσοντας ελληνικά ομόλογα με ομόλογα παρόμοιας ονομαστικής αξίας που εξαιρέθηκαν από το «κούρεμα». Τότε το γερμανικό περιοδικό Der Spiegel είχε αναφέρει πως ο πρόεδρος της Bundesbank, Γενς Βάιντμαν, εξέφρασε επιφυλάξεις για την απόφαση της ΕΚΤ να ανταλλάξει τα ομόλογα, εκτιμώντας πως θα μπορούσε να προκαλέσει αγωγές από άλλους κατόχους ελληνικών ομολόγων.