Σε παρατεταμένη εμπλοκή βρίσκεται η διαδικασία του Κτηματολογίου. Από τη μία πλευρά η Ευρωπαϊκή Επιτροπή ζητάει την αποσύνδεση της χρηματοδότησης του Κτηματολογίου από δράση του Γ΄ ΚΠΣ και από την άλλη το ελληνικό Δημόσιο προσπαθεί να βρει φόρμουλα διαφυγής, καθώς δεν εμπιστεύεται την ικανότητα των δασικών υπηρεσιών. Το πρώτο πρόβλημα παρουσιάζεται στο πρόγραμμα οριοθέτησης των δασών, δράση την οποία το ΥΠΕΧΩΔΕ προσπαθεί να απαλείψει, προβλέποντας την απόλυτη αποτυχία κάθε χρονοδιαγράμματος.
Το δεύτερο πρόβλημα παρουσιάζεται στο πρόγραμμα ψηφιοποίησης των ενεργών τίτλων που βρίσκονται στα υποθηκοφυλακεία των αστικών κέντρων της χώρας. Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή αντιδρά έντονα στην πρόθεση της ελληνικής πλευράς να χρησιμοποιήσει το έργο για τη δημιουργία Κτηματολογίου με την προσθήκη κτηματολογικών μελετών και χαρτών και απειλεί με άρση της χρηματοδότησης για το σύνολο των δράσεων. Η φόρμουλα που προτείνει η ελληνική πλευρά είναι η σύνδεση του ψηφιοποιημένου αρχείου με κτηματολογικές μελέτες από διαφορετικό ανάδοχο, δηλαδή με ξεχωριστή προκήρυξη και εργολαβία, το κόστος της οποίας θα αναλάβει φυσικά το ελληνικό Δημόσιο.