Κύριε διευθυντά
Οι κατακτημένοι Ελληνες έδιναν μεγάλη σημασία στην παιδεία και προσπαθούσαν να τη διατηρήσουν με κάθε τρόπο. Στην προσπάθεια να μη σβήσουν παντελώς οι εστίες της παιδείας, σημαντικό ρόλο διαδραμάτισε η Εκκλησία, ιδίως κατά τους δύο πρώτους αιώνες της τουρκοκρατίας.
Οι αρνητές του κρυφού σχολειού υποστηρίζουν ότι δεν υπήρχε καμία επίσημη απαγόρευση της παιδείας από τους κατακτητές. Αλλά το ότι η παροχή παιδείας δεν αντιμετώπιζε την επίσημη αντίδραση της κεντρικής εξουσίας της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας δεν οδηγεί απαραίτητα στο συμπέρασμα ότι δεν λειτούργησαν κατά περιόδους και κατά τόπους κρυφά σχολειά. Κι αυτό εξαρτιόταν από τη γενικότερη αυστηρή ή επιεική διοίκηση και των σουλτάνων και των κατά τόπους πασάδων.
Οι αρνητές του κρυφού σχολειού ισχυρίζονται ακόμα ότι δεν υπάρχουν ιστορικές μαρτυρίες που να επιβεβαιώνουν την ύπαρξη κρυφών σχολειών ή ότι οι σχετικές μαρτυρίες είναι πολύ μεταγενέστερες. Ωστόσο πολύ ενδιαφέρουσα είναι η πληροφορία τού αγωνιστή του 1821 Φωτίου Χρυσανθοπούλου – Φωτάκου, που στα Απομνημονεύματά του (1858), αναφερόμενος στην παιδεία τού τουρκοκρατούμενου ελληνισμού, γράφει: «Μόνοι των οι Ελληνες εφρόντιζαν διά την παιδείαν, η οποία εσυνίστατο εις το να μανθάνουν τα κοινά γράμματα και ολίγην αριθμητικήν ακανόνιστον, εν ελλείψει δε διδασκάλου, ο ιερεύς φρόντιζε περί τούτου. Ολα αυτά εγίνοντο εν τω σκότει και προφυλακτά από τους Τούρκους». Εκτός από την παραπάνω σαφή μαρτυρία παραθέτουμε κι άλλη μία ακόμη: Πρόκειται για την αναφορά του γιατρού Στέφανου Κανέλλου, φίλου του Ρήγα και του Κοραή, ο οποίος σε επιστολή του το 1822 σε Γερμανό φιλέλληνα, μιλάει ξεκάθαρα για «κρυφά κοινά σχολειά, όπου και τα παιδιά των φτωχών διδάσκονταν χωρίς να πληρώνουν».
Το τοπωνύμιο «κρυφό σχολειό» δεν είναι γενικό και αόριστο αλλά αποδίδεται σε συγκεκριμένα μοναστήρια όπως π.χ. Ανω Δίβρης Ηλείας, Φενεού Κορινθίας, Φιλοσόφου Δημητσάνας, Πεντέλης Αθήνας, Προυσού Καρπενησίου, Αγίας Τριάδας Τήνου κ.ά. Ο επισκέπτης των μοναστηριών αυτών οδηγείται από τους ντόπιους σε συγκεκριμένα απόμερα σημεία (κρύπτες) των μονών αυτών. Το γεγονός αυτό ενισχύει την υπόθεση ότι οι συγκεντρώσεις αυτές έπρεπε να μείνουν κρυφές, διότι οι Ελληνες από μόνοι τους ήθελαν να κρατήσουν μυστική τη λειτουργία του σχολειού, φοβούμενοι την ενδεχόμενη αρνητική αντίδραση των τουρκικών αρχών.
Αν τα σχολεία αυτά λειτουργούσαν δημόσια (ελεύθερα), η λαϊκή προφορική παράδοση δεν θα τα ονόμαζε «κρυφά», αλλά σκέτα «σχολειά». Κανένας «θρύλος» δεν μπορεί να σταθεί μόνος του, αν προηγουμένως δεν στηρίζεται σε γερή ιστορική βάση. Κρυφά σχολειά λειτουργούσαν και σε περιόδους μαζικών εξισλαμισμών τοπικών πληθυσμών. Είναι φυσικό ότι στην περίπτωση αυτή, κάθε πρόσβαση σε εκκλησίες και μοναστήρια θα ήταν πλέον απαγορευτική για τους εξισλαμισμένους. Επομένως τα παιδιά που θα ήθελαν να μάθουν τα ελληνικά γράμματα και να διατηρήσουν βαθιά μέσα τους τη χριστιανική πίστη, έπρεπε να πηγαίνουν στο μοναστήρι κρυφά.
Οι αρνητές του κρυφού σχολειού ισχυρίζονται επίσης ότι δεν συνέβη κανένας διωγμός των σχολείων επί τουρκοκρατίας. Είναι όμως βεβαιωμένο το γεγονός ότι όλες οι σχολές του Ιασίου και του Βουκουρεστίου, που λειτουργούσαν στις παραδουνάβιες ηγεμονίες, έκλεισαν από τους Τούρκους, αμέσως μετά την κατάπνιξη της Επανάστασης του Υψηλάντη.
Γράφει ο ιστορικός Διονύσιος Κόκκινος: «Τη διαρκή ταραχή και τον τρόμο υφίσταται ολόκληρος ο κλήρος. Αλλά ο παπάς κάτω από τα ράκη του ράσου του κρατά το Ψαλτήρι και πηγαίνει να μάθει τα παιδιά που τον περιμένουν, να διαβάζουν. Διδάσκει τη λίγη ιστορία που γνωρίζει κι αυτός. Το κρυφό σχολειό δεν είναι θρύλος. Το συντήρησε (…) ο βαθύτερος πόθος του τυραννισμένου έθνους να υπάρξει».