Η Παρασκευή 8 Ιουνίου ήταν ακόμα μια φορτωμένη ημέρα για τον Αρχιεπίσκοπο Χριστόδουλο. Το πρωί προήδρευσε της συνεδρίασης της Διαρκούς Ιεράς Συνόδου και αργότερα το μεσημέρι, του Δ.Σ. της Αποστολικής Διακονίας. Πολλοί ιεράρχες παρατήρησαν πως έδειχνε καταπονημένος. Στην πραγματικότητα υπέφερε από έντονους κοιλιακούς πόνους, είχε υψηλό πυρετό και έκανε εμετούς. Σε αυτή την κατάσταση βρισκόταν μια εβδομάδα. Συγκεκριμένα, από την 1η Ιουνίου, όταν επισκεπτόμενος την Εδεσσα ένιωσε την πρώτη αδιαθεσία. Αρχικά, η συνοδεία του απέδωσε τους εμετούς στα κεράσια, που του προσέφεραν.
Η αλήθεια ωστόσο θα αποκαλυπτόταν μια εβδομάδα αργότερα προκαλώντας σοκ στους άμεσους συνεργάτες του. Το απόγευμα της Παρασκευής ο αναπλ. καθηγητής στην Ιατρική Σχολή Αθηνών κ. Σεραφείμ Νάνας συνέστησε στον Αρχιεπίσκοπο να πραγματοποιήσει ειδικές εξετάσεις σε ιδιωτικό διαγνωστικό κέντρο. Εκεί υποβλήθηκε σε αξονική τομογραφία και υπέρηχο άνω και κάτω κοιλίας. Αμέσως μετά παρέστη σε εκδήλωση της Ελληνικής Εταιρείας Μεταμοσχεύσεων. «Χάρις στο γεγονός ότι διαρκώς και περισσότερο γίνεται συνείδηση πως η προσφορά οργάνων είναι προσφορά υγείας και ενίοτε ζωής, η μεταμόσχευση οργάνων έχει γίνει πλέον ένας τρόπος θεραπείας. Θέλω από το βήμα αυτό να απευθύνω έκκληση προς όλους τους πιστούς, να σκεφθούν τον πλησίον και την ανάγκη προσφοράς οργάνων» υπογράμμισε, προφητικά όπως αποδείχθηκε, στην ομιλία του ο Αρχιεπίσκοπος.
Το ίδιο βράδυ, στην αρχιεπισκοπική κατοικία, οι αναπληρωτές καθηγητές κ. Σερ. Νάνας, Διονύσιος Βώρος και Ιωάννης Νάνας μελέτησαν τα αποτελέσματα των εξετάσεων οι οποίες έδειχναν στένωση του παχέος εντέρου (ειλεό) και έναν όγκο στο ήπαρ. Ενημέρωσαν τον ασθενή για τη σοβαρότητα της κατάστασής του, υπογραμμίζοντας την ανάγκη εισαγωγής του στο νοσοκομείο. Ωστόσο ο κυρός Χριστόδουλος επέμεινε να ταξιδέψει το ίδιο βράδυ για το Κάιρο, όπου είχε προγραμματιστεί διήμερη επίσημη επίσκεψή του. «Θα το δούμε μετά την επιστροφή μου», είπε στους ανήσυχους συνεργάτες του. Ωστόσο η κατάσταση της υγείας του δεν του επέτρεψε να ταξιδέψει εκείνο το βράδυ και ανέβαλε την αναχώρησή του για ένα 24ωρο.
Το πρωί του Σαββάτου, 9 Ιουνίου, οι γιατροί τον επισκέφθηκαν εκ νέου στην κατοικία του και επέμειναν να μεταβεί στο Αρεταίειο, όπου ο κ. Διον. Βώρος είχε προετοιμάσει κατάλληλο δωμάτιο. Ο Αρχιεπίσκοπος, παρά τους ανυπόφορους πόνους, ήταν αμετακίνητος. Ο π. Θωμάς Συνοδινός πήρε τη βαλίτσα του και την πέταξε στο πάτωμα. «Πρέπει να πάτε στο νοσοκομείο Μακαριώτατε, κινδυνεύετε», φέρεται να του είπε. Τελικά ύστερα από πιέσεις των στενών συνεργατών του και των ιατρών ενέδωσε. Λίγα λεπτά μετά την αναχώρηση από την κατοικία του με προορισμό το Αρεταίειο εκδόθηκε ένα λιτό ανακοινωθέν από την Αρχιεπισκοπή. «Ο Μακαριώτατος Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και πάσης Ελλάδος Χριστόδουλος λόγω γαστρεντερικών διαταραχών κατά την τελευταία εβδομάδα, ματαίωσε το προγραμματισμένο του ταξίδι στο Κάιρο και την Αλεξάνδρεια και εισήχθη στο Αρεταίειο Νοσοκομείο, προκειμένου να υποβληθεί σε εξετάσεις».