Μία από τις μάλλον απροσδόκητες επιπτώσεις του Μεσοπρόθεσμου ήταν οι αναταράξεις που προκάλεσε στις μικρότερες πολιτικές δυνάμεις της Κεντροδεξιάς και της Αριστεράς οι οποίες προέκυψαν μετά το Μνημόνιο. Ιδιαίτερα έντονος ήταν αυτός ο κλυδωνισμός για τη Δημοκρατική Συμμαχία της Ντόρας Μπακογιάννη, ενώ πολύ μικρότερες τριβές σημειώθηκαν στη Δημοκρατική Αριστερά.
Ενα κοινό στοιχείο ανάμεσα στα δύο κόμματα είναι ότι καλλιεργούν ένα πιο «φιλοευρωπαϊκό» και πιο «υπεύθυνο» προφίλ από ό, τι οι χώροι από τους οποίους αποσπάστηκαν. Με το Μεσοπρόθεσμο, βρέθηκαν αντιμέτωπα με μια δυσάρεστη ευρωπαϊκή απαίτηση και τη δύσκολη ευθύνη για το μέλλον της χώρας, κάτι που εξηγεί τις αναταράξεις στο εσωτερικό τους.
Οι αναταράξεις εκδηλώθηκαν σε ασύγκριτα μεγαλύτερο βαθμό στη ΔΗΣΥ. Στη ΔΗΜ.ΑΡ. σημειώθηκε απλώς η διαφοροποίηση του 10% των μελών της Κεντρικής της Επιτροπής, τα οποία ζήτησαν να μην καταψηφιστεί το Μεσοπρόθεσμο.
Ως φιλελεύθερης κατεύθυνσης σχηματισμός, η ΔΗΣΥ είχε κάθε λόγο να απορρίπτει το Μεσοπρόθεσμο, τη φορομπηχτική του φιλοσοφία και την ανοχή του απέναντι στο μεγάλο κράτος. Η κριτική που άσκησε στο πρόγραμμα ήταν δικαιολογημένη και οι αντιπροτάσεις της υπέρ διπλάσιων περικοπών δαπανών από ό, τι αυξήσεων φόρων είχαν την οικονομική λογική με το μέρος τους. Ομως η κ. Μπακογιάννη, έχοντας ανοιχτή γραμμή με τους κ. Ρεν και Γιουνκέρ, γνώριζε το τι διακυβευόταν στην ψηφοφορία. Ηξερε ότι οι εταίροι περίμεναν ένα ξεκάθαρο «ναι» και ότι ο κίνδυνος μη καταβολής της 5ης δόσης ήταν απολύτως υπαρκτός. Αυτό που διαπίστωσε πάντως στη συνεδρίαση τόσο της Κεντρικής Επιτροπής όσο και του Πολιτικού Συμβουλίου την Κυριακή το βράδυ ήταν ότι το «ναι» που ζητούσαν οι Ευρωπαίοι ήταν μειοψηφικό στο κόμμα και απόλυτα μειοψηφικό ανάμεσα στους βουλευτές. Ηδη στην Κ. Ε. ο κ. Κ. Κιλτίδης είχε ξεκαθαρίσει ότι θα ψηφίσει «παρών». Στο Π. Σ. οι υπόλοιποι βουλευτές μετέφεραν ένα κλίμα απόρριψης του Μεσοπρόθεσμου από όλη τη χώρα.
Η κ. Μπακογιάννη θα μπορούσε να είχε επιβάλει κομματική πειθαρχία υπέρ του «ναι». Οπως είπε όμως στο Π. Σ., θα ήταν ανακόλουθη με την κριτική που άσκησε στην ηγεσία της Ν. Δ. ότι ποινικοποιεί τη διαφορετική άποψη. Αμφιταλαντεύτηκε, όπως δείχνει το «ψήφος κατά συνείδηση» που προέκυψε από το Π. Σ. Απελευθέρωνε την ίδια, θα έδινε όμως στη Βουλή την εικόνα ενός κόμματος-σκορποχώρι. Στο τέλος, αποφάσισε υπέρ της συνοχής του κόμματος, δυσαρεστώντας τους Ευρωπαίους, τους φιλελεύθερους ιδεολόγους και αφήνοντας την Ελσα Παπαδημητρίου να κλέψει τις εντυπώσεις στο κοινό στο οποίο απευθύνεται. Αυτό πάντως δεν απέτρεψε την αποχώρηση του κ. Κιλτίδη, ο οποίος θα προτιμούσε να καταψηφίσει το Μεσοπρόθεσμο. Ο βουλευτής Κιλκίς άλλωστε δεν αισθανόταν άνετα πια σε ένα κόμμα της φιλελεύθερης ευρωομάδας, ούτε ήθελε να λέγεται φιλελεύθερος. Η ΔΗΣΥ βγήκε από την ψηφοφορία τραυματισμένη, το ηγετικό προφίλ της κ. Μπακογιάννη δέχτηκε ένα πλήγμα. Το εγχείρημα επέζησε πάντως. Ανοιχτό στοίχημα παραμένει η ιδεολογική του συνοχή, αποφεύγοντας όμως τη διολίσθηση στον αμιγή φιλελευθερισμό, με τον οποίο δεν θα είχε στην Ελλάδα καμία τύχη.
Στα τρία μεγαλύτερα κόμματα της ελάσσονος αντιπολίτευσης το Μεσοπρόθεσμο δεν δημιούργησε κάποιο πρόβλημα, για τα κόμματα της Αριστεράς μάλιστα δεν ήταν καν δοκιμασία. Ο ΛΑΟΣ του κ. Γ. Καρατζαφέρη, που θεωρητικά είχε πρόβλημα, βγήκε μάλλον κερδισμένος, αφού στο πρόσωπο του κ. Κιλτίδη απέκτησε έναν δυνάμει συνοδοιπόρο. Επί του παρόντος ο κ. Κιλτίδης δηλώνει ότι παραμένει ανεξάρτητος. Ο κ. Καρατζαφέρης δεν έδειξε ότι «καίγεται» για την προσχώρησή του.
Ο ΛΑΟΣ είχε υπερψηφίσει το πρώτο Μνημόνιο, αρνήθηκε όμως να κάνει το ίδιο με το Μεσοπρόθεσμο. Ο κ. Καρατζαφέρης άρχισε τη στροφή πριν από δύο μήνες, λέγοντας στον κ. Παπανδρέου ότι «σας δώσαμε την ευκαιρία και τη χάσατε».
Το ΚΚΕ και ο ΣΥΝ δεν άλλαξαν τη στάση τους· καταψήφισαν το Μεσοπρόθεσμο. Ωστόσο το ΚΚΕ το αντιμετώπισε πιο ψύχραιμα, σαν ακόμα έναν σταθμό της καπιταλιστικής επίθεσης απέναντι στα δικαιώματα των εργαζομένων, ενώ ο ΣΥΝ ξεπέρασε κάθε προηγούμενο μαχητικότητας μιλώντας για ξεπούλημα της χώρας.