Μια άγνωστη πτυχή, γύρω από το παρασκήνιο της εκλογής του Ζαν-Κλοντ Γιούνκερ στην προεδρία της Ευρωπαϊκής Επιτροπής το 2014, αποκάλυψε ο Μαργαρίτης Σχοινάς, κατά τη διάρκεια της εκδήλωσης «Διάλογος με τους Πολίτες για το Μέλλον της Ευρώπης», μιλώντας για καταλυτική παρέμβαση του τότε πρωθυπουργού, Αντώνη Σαμαρά προς την Άγκελα Μέρκελ, σε συνεδρίαση της Συνόδου Κορυφής.
Σύμφωνα με τον κ. Σχοινά, παρότι η Γερμανίδα Καγκελάριος είχε αρχικά υπερασπιστεί την άμεση εκλογή προέδρου της Κομισιόν με βάση το αποτέλεσμα των ευρωεκλογών, οι πιέσεις των διπλωματικών της συνεργατών και συμβούλων, την έκαναν να σκέφτεται την υπαναχώρηση από τη θέση της.
Τότε, όπως αφηγείται ο κ. Σχοινάς, παρενέβη ο κ. Σαμαράς λέγοντας: «Αν δεν στηρίξουμε την απόφασή μας, την επόμενη φορά στις ευρωεκλογές θα ψάχνουμε την ψήφο μας και δεν θα την βρίσκουμε».
Παρέμβαση την οποία ο ίδιος χαρακτήρισε «καταλυτική», οδηγώντας στην αποδοχή του αποτελέσματος της ευρωπαϊκής κάλπης και στην εκλογή του κ. Γιουνκέρ στην προεδρία της Κομισιόν, όπου παρέμεινε έως και τον Νοέμβριο του 2019.