Την παρέμβαση του εισαγγελέα προκάλεσαν πρόσφατα δημοσιεύματα σχετικά με την υπόθεση παρακολούθησης του δημοσιογράφου Θανάση Κουκάκη από την Εθνική Υπηρεσία Πληροφοριών. Μετά τη δημοσιοποίηση τριών ρεπορτάζ, τα δύο στην ιστοσελίδα Inside Story και το τρίτο από το δίκτυο Reporters United, η προϊσταμένη της Εισαγγελίας Πρωτοδικών Αθήνας, Σωτηρία Παπαγεωργοπούλου, παρενέβη διατάσσοντας τη διενέργεια προκαταρκτικής εξέτασης, προκειμένου να διαπιστωθεί εάν και από ποια πρόσωπα έχει τελεστεί η αξιόποινη πράξη της παραβίασης τηλεφωνικού απορρήτου.
Σύμφωνα με το δημοσίευμα των Reporters United, που μάλιστα επικαλείται συγκεκριμένους αριθμούς εισαγγελικών διατάξεων, η Εθνική Υπηρεσία Πληροφοριών προχώρησε σε διαδοχικές άρσεις απορρήτου στο κινητό τηλέφωνο του δημοσιογράφου τον Ιούνιο, τον Ιούλιο και τον Αύγουστο του 2020. Η παρακολούθηση του Θανάση Κουκάκη φέρεται, σύμφωνα με το δημοσίευμα, να διεκόπη τη 12η Αυγούστου 2020, ημερομηνία κατά την οποία ο δημοσιογράφος απευθύνθηκε στην Αρχή Διασφάλισης Απορρήτου Επικοινωνιών (ΑΔΑΕ) ζητώντας να του γνωστοποιηθεί εάν πράγματι το τηλέφωνό του βρισκόταν υπό παρακολούθηση.
Τη 10η Μαρτίου 2021, οκτώ μήνες μετά την καταγγελία στην ΑΔΑΕ, τα στελέχη της ανεξάρτητης αρχής απευθύνθηκαν στην ΕΥΠ ρωτώντας εάν συντρέχουν οι προϋποθέσεις που όριζε ο νόμος προκειμένου να γνωστοποιήσει στον καταγγέλλοντα εάν πράγματι το κινητό του τηλέφωνο παρακολουθείτο ή όχι.
Ο νόμος προέβλεπε συγκεκριμένα ότι εφόσον οι λόγοι για τους οποίους έχει γίνει η άρση απορρήτου έχουν εκλείψει, η ΑΔΑΕ δύναται να γνωστοποιήσει στον παρακολουθούμενο ότι είχε αρθεί το απόρρητο των επικοινωνιών του. Στην περίπτωση του Θανάση Κουκάκη, πάντως, αυτό δεν συνέβη, καθώς 20 ημέρες αργότερα, την 31η Μαρτίου 2021, κατατέθηκε τροπολογία στη Βουλή δυνάμει της οποίας άλλαξε ο νόμος, μην επιτρέποντας στην ΑΔΑΕ να ενημερώνει τους πολίτες- καταγγέλλοντες για τις παρακολουθήσεις. Δυνάμει του νέου νόμου, η ανεξάρτητη αρχή με ιδιαίτερα προσεκτική διατύπωση απάντησε την 31η Ιουλίου 2021 στον δημοσιογράφο ότι δεν παραβιάστηκε η νομοθεσία περί υποκλοπών.
Στο μεταξύ, εκτενές ρεπορτάζ που δημοσιεύθηκε την 11η Απριλίου στο Inside Story ανέφερε ότι το διάστημα από 12 Ιουλίου 2021 έως τον Σεπτέμβριο του 2021 το κινητό του Θανάση Κουκάκη μολύνθηκε από το παράνομο λογισμικό παρακολουθήσεων «Predator», που δημιούργησε εταιρεία ονόματι Cytrox με έδρα τα Σκόπια. Η «διάγνωση» στο κινητό τηλέφωνο του δημοσιογράφου έγινε με τη συνδρομή του εργαστηρίου Citizen Lab του Πανεπιστημίου του Τορόντο.