Σύντομα, το σύστημα ελέγχων στη διατροφική αλυσίδα θα ορίζεται σαφώς και λεπτομερώς από την Ευρωπαϊκή Ενωση. Από τις αρχές του επόμενου χρόνου (τυπικά από 1/1/2006) τέσσερις κανονισμοί της E.E. ( 852/2004, 853/2004, 854/2004 και 882/ 2004), που οριοθετούν τους κανόνες υγιεινής και το σύστημα ελέγχου σε όλη τη διατροφική αλυσίδα, θα πρέπει να αρχίσουν να εφαρμόζονται και στη χώρα μας.
Οι συγκεκριμένοι κανονισμοί καθορίζουν επακριβώς τις υποχρεώσεις του κράτους-μέλους όσον αφορά την ασφάλεια των τροφίμων, από τον τρόπο και τους όρους με βάση τους οποίους πρέπει να πραγματοποιούνται οι έλεγχοι σε όλες τις βαθμίδες παραγωγής έως και τη διαδικασία επιβολής κυρώσεων, τον τρόπο παρακολούθησης των εισαγωγών από τρίτες χώρες και τα αρχεία που πρέπει να τηρούνται. Ανάμεσα στις άλλες υποχρεώσεις των κρατών-μελών που ορίζονται από τους συγκεκριμένους κανονισμούς είναι και η εναρμόνιση και προσαρμογή των εθνικών διατάξεων που σχετίζονται με την ασφάλεια των τροφίμων με τις αντίστοιχες κοινοτικές. Εκτός της υποχρέωσης του κράτους-μέλους να οργανώσει ένα ενιαίο σύστημα ελέγχου για τα τρόφιμα, επιβάλλεται να συστήσει πρόγραμμα ετήσιων ελέγχων το οποίο θα παραδίδει στην Ευρωπαϊκή Ενωση και το οποίο βέβαια θα ακολουθεί.
Οι υπηρεσίες της Ευρωπαϊκής Ενωσης επίσης, όπως άλλωστε ήδη συμβαίνει, έχουν την υποχρέωση να διενεργούν τακτικούς αλλά και αιφνιδιαστικούς ελέγχους στα κράτη-μέλη. Οι έλεγχοι από τα κράτη-μέλη πρέπει να είναι τακτικοί και χωρίς προηγούμενη προειδοποίηση προς τους ελεγχομένους, ενώ ταυτόχρονα αυτοελέγχους έχει την υποχρέωση να διενεργεί και η βιομηχανία. Ομως και η ελεγχτική αρχή του κράτους-μέλους οφείλει να πραγματοποιεί ελέγχους στη βιομηχανία, αλλά και να ελέγχει την αξιοπιστία του συστήματος ελέγχων που ακολουθείται.
Κάθε εγκατάσταση, μονάδα ή βιομηχανία που με κάποιο τρόπο εμπλέκεται στη διαδικασία παραγωγής πρέπει να ελέγχεται από επίσημο φορέα. Επίσημοι έλεγχοι πρέπει επίσης να πραγματοποιούνται από τα κράτη-μέλη και στα προϊόντα που προορίζονται για την ευρωπαϊκή αγορά, έτσι ώστε το κάθε κράτος- μέλος να μπορεί να εγγυηθεί ότι τα προϊόντα που θα κυκλοφορήσουν στην Ευρωπαϊκή Ένωση είναι το ίδιο ασφαλή με όσα διακινούνται στη εθνική επικράτεια.
Το κράτος-μέλος που εισάγει τα προϊόντα έχει το δικαίωμα να πραγματοποιήσει επίσης έλεγχο και σε περίπτωση που ανακαλύψει ότι υπάρχει κάποιο πρόβλημα να λάβει τα κατάλληλα μέτρα, μεταξύ των οποίων και να ξαναστείλει πίσω τα συγκεκριμένα προϊόντα.
Ολα τα κράτη-μέλη οφείλουν να καθορίσουν, υπεύθυνα και επίσημα, τις υπηρεσίες που θα ασκούν τον έλεγχο και οι οποίες στη συνέχεια θα ελέγχονται για την επάρκειά τους. Αυτές οι υπηρεσίες πρέπει να είναι αποτελεσματικές σε όλη την αλυσίδα των ελέγχων και να μην επηρεάζονται από συμφέροντα ή να μην έχουν δεσμεύσεις. Πρέπει ακόμα να έχουν πρόσβαση σε διαπιστευμένα εργαστήρια και να διαθέτουν αρκετό και εκπαιδευμένο προσωπικό. O φορέας ελέγχου πρέπει, τέλος, να έχει την αρμοδιότητα να επιβάλει κυρώσεις σύμφωνα με τη νομοθεσία.