Μη νόμιμη κρίνει το Συμβούλιο της Επικρατείας τη λειτουργία των Ανωτάτων Εκκλησιαστικών Ακαδημιών ως εκπαιδευτικών μονάδων της ανωτάτης εκπαίδευσης. Η αναβάθμιση των σχολών και η ένταξή τους στην ανώτατη εκπαίδευση, που προβλέπεται με τον νόμο 4332/2006, έρχεται σε αντίθεση με το άρθρο 16 του Συντάγματος, όπως τονίζεται σε δύο Πρακτικά του Ε΄ Τμήματος του ΣτΕ, που συνεδρίασε χθες, υπό την προεδρία του αντιπροέδρου κ. Κ. Μενουδάκου. Οι παρατηρήσεις του ανωτάτου δικαστηρίου για το Προεδρικό Διάταγμα, που καθορίζει τα προσόντα και τις προϋποθέσεις για την εκλογή και εξέλιξη του διδακτικού προσωπικού των Ανωτάτων Εκκλησιαστικών Ακαδημιών και κρίθηκε τελικώς μη νόμιμο, συνοψίζονται στις ακόλουθες:
ΒΟι σχολές αυτές δεν οργανώνονται ως νομικά πρόσωπα πλήρως αυτοδιοικούμενα και δεν κατοχυρώνεται η ακαδημαϊκή ελευθερία για τους διδάσκοντες και τους σπουδαστές, όπως επιτάσσει το Σύνταγμα.
ΒΣτις εκπαιδευτικές αυτές μονάδες η παρεχόμενη εκπαίδευση και οι κατευθύνσεις της έρευνας δεν καθορίζονται από αιρετά όργανά τους, αλλά ελέγχονται από το Ανώτατο Επιστημονικό Συμβούλιο, τα μέλη του οποίου διορίζονται από τον υπουργό Παιδείας και την Εκκλησία της Ελλάδος.
ΒΤο περιεχόμενο και ο σκοπός της εκπαίδευσης συνίσταται στη διδασκαλία συγκεκριμένου δόγματος, όχι χάριν της επιστημονικής μελέτης, αλλά με στόχο τη μεταλαμπάδευση αυτούσιων των αληθειών του δόγματος αυτού και την κατάρτιση θρησκευτικών λειτουργιών, που αντίκειται στην ακαδημαϊκή ελευθερία.
Επίσης, το Π.Δ. κρίθηκε μη νόμιμο για τον πρόσθετο λόγο ότι η διαδικασία επιλογής των σπουδαστών αντίκειται στο Συνταγμα, καθώς περιλαμβάνει προκαταρκτική συνέντευξη ενώπιον Επιτροπής και θέσπιση συστατικής επιστολής Επισκόπου για την εισαγωγή στο πρόγραμμα Ιερατικών Σπουδών.
Η υπόθεση, πάντως, παραπέμφθηκε να εξεταστεί στην Ολομέλεια του ΣτΕ.