Η Ανεξάρτητη Αρχή ζητάει από το Λιμενικό Σώμα στοιχεία για το επιχειρησιακό σχέδιο που εκτέλεσε το Λ.Σ., το πλήθος και τύπο των σκαφών που συμμετείχαν σε αυτό, τα στοιχεία του επικεφαλής και μελών της επιχείρησης, καθώς και τα ηλεκτρονικά αρχεία που αποτυπώνουν τις συνομιλίες των λιμενικών που συμμετείχαν στην επιχείρηση.
Ο Συνήγορος του Πολίτη με ανακοίνωσή του που δημοσίευσε την 9η Νοεμβρίου, επισημαίνει τη ρητή άρνηση του Λιμενικού Σώματος να ξεκινήσει εσωτερική πειθαρχική έρευνα παρά τη δραματική τροπή του ναυαγίου που κόστισε τη ζωή εκατοντάδων ανθρώπων και παρότι το Λιμενικό γνώριζε εγκαίρως για την ύπαρξη του πλοίου που βρισκόταν σε κίνδυνο. Την ίδια ενημέρωση είχε από την προηγούμενη και ο Συνήγορος του Πολίτη μέσω του Watch the Med – Alarm Phone.
Επισημαίνεται δε πως οι δημοσιογραφικές έρευνες, για τη ροή των γεγονότων που οδήγησαν στο ναυάγιο, καταδεικνύουν διαφορετική εκδοχή από την επίσημη του Λιμενικού, ενώ και η Ευρωπαία Διαμεσολαβήτρια –θεσμός που προωθεί τη διαφάνεια και τη λογοδοσία στα θεσμικά όργανα της Ε.Ε.– έχει ξεκινήσει αντίστοιχη έρευνα για τη FRONTEX, ζητώντας και την αρωγή του Συνηγόρου του Πολίτη.
Η έρευνα που ζήτησε η ελληνική Ανεξάρτητη Αρχή από τα αρμόδια διοικητικά όργανα για τις πράξεις και παραλείψεις που οδήγησαν στο πολύνεκρο ναυάγιο, θα συνέβαλε όπως αναφέρει χαρακτηριστικά «στην αξιόπιστη εικόνα του Λιμενικού Σώματος και σε τελική ανάλυση της Πολιτείας». Η απόφαση να ξεκινήσει τελικά η ίδια η Αρχή την έρευνα αποδείχθηκε μονόδρομος μετά την άρνηση λήψης παρόμοιας πρωτοβουλίας από τη μεριά των εμπλεκομένων.