Διευρύνεται διαρκώς το ποσό των οφειλών των ασφαλιστικών ταμείων προς τον ΕΟΠΥΥ για εισφορές ασφαλισμένων που έχουν εισπραχθεί αλλά δεν έχουν αποδοθεί στον Οργανισμό.
Σύμφωνα με τα στοιχεία του ΕΟΠΥΥ, τον Ιούλιο του 2014 οι οφειλές αυτές, οι οποίες χρονολογούνται από το 2012, ανέρχονταν σε 539,17 εκατομμύρια ευρώ, ενώ το μεγαλύτερο πρόβλημα στην απόδοση εισφορών φαίνεται ότι έχει το ΕΤΑΑ και ο ΟΑΕΕ που χρησιμοποιεί τα ποσά που θα έπρεπε να δίνει στον Οργανισμό για να συμπληρώνει τις συντάξεις. Μάλιστα οι οφειλές του ΟΑΕΕ προς τον ΕΟΠΥΥ αυτή τη στιγμή έχουν ξεπεράσει τα 200 εκατ. ευρώ. Εως τέλος Ιουνίου 2014, οι οφειλές Ταμείων προς τον ΕΟΠΥΥ ανέρχονταν στα 514,7 εκατ. ευρώ, ενώ τον περασμένο Μάιο, οι εισπραχθείσες και μη καταβληθείσες εισφορές από τα Ταμεία στον Οργανισμό έφταναν τα 421,4 εκατ. ευρώ. Αξίζει να σημειωθεί ότι το συγκεκριμένο ζήτημα έχει επισημανθεί επανειλημμένως και από τους επικεφαλής της τρόικας που έχουν ζητήσει από την ηγεσία του υπουργείου Υγείας τη στενή παρακολούθηση του συστήματος εισροής των εισφορών για ιατροφαρμακευτική περίθαλψη από τα ασφαλιστικά ταμεία προς τον ΕΟΠΥΥ προκειμένου να τηρείται ο προϋπολογισμός.
Για το 2014, σύμφωνα με τα στοιχεία που έδωσε στη δημοσιότητα η διοίκηση του Οργανισμού, καταγράφεται υπέρβαση της τάξης των 373 εκατομμυρίων ευρώ των προϋπολογισθέντων εξόδων (6,768 δισεκατομμύρια ευρώ) έναντι των προϋπολογισθέντων εσόδων (6,395 δισεκατομμύρια ευρώ). Σύμφωνα με τον ΕΟΠΥΥ, η διαφορά θα υπερκαλυφθεί από τα ταμειακά διαθέσιμα του Οργανισμού που υπήρχαν στις 31/12/2013 (υπερβαίνουν τα 400 εκατομμύρια ευρώ), όπως προβλέπεται από την κείμενη νομοθεσία. Τα στοιχεία αυτά έδωσε στη δημοσιότητα η διοίκηση του ΕΟΠΥΥ με αφορμή δημοσιεύματα περί ελλειμμάτων του Οργανισμού. Οπως αναφέρεται στη σχετική ανακοίνωση, ο προϋπολογισμός του 2013 έκλεισε χωρίς να δημιουργηθούν νέα ελλείμματα, ενώ επιπλέον, οι ληξιπρόθεσμες οφειλές του ΕΟΠΥΥ προς τρίτους, από τη σύστασή του (1/1/2012), μειώθηκαν από 1,26 δισ. ευρώ τον περασμένο Ιούνιο στα 670,1 εκατομμύρια ευρώ τον Ιούλιο.
Στην ίδια ανακοίνωση πάντως, τονίζεται ότι είναι σε υψηλή προτεραιότητα ο στόχος της ηγεσίας του υπουργείου Υγείας για την τήρηση του προϋπολογισμού «χωρίς την καταφυγή σε rebate και claw back, μέτρα επαχθή αλλά αναγκαία στην τρέχουσα οικονομική συγκυρία».