Κατά του σχεδίου μετατροπής της Αγίας Σοφίας σε τέμενος τοποθετήθηκε η Αγκελα Μέρκελ στη διάρκεια της συνάντησής της με τον Οικουμενικό Πατριάρχη Βαρθολομαίο στο Βερολίνο. Σύμφωνα με πληροφορίες που επικαλείται η Deutsche Welle, το θέμα αυτό αποτέλεσε αντικείμενο συζήτησης στη διάρκεια της συνάντησης και η αντίδρασή της υπήρξε οργισμένη, φέρεται μάλιστα να χαρακτήρισε την πρόθεση του Ταγίπ Ερντογάν να μετατρέψει την Αγία Σοφία σε τέμενος «απαράδεκτη». Η στάση της καγκελαρίου ήταν πολύ πιο κατηγορηματική από εκείνη του γερμανικού ΥΠΕΞ, ο εκπρόσωπος του οποίου δήλωσε ότι «ναι μεν το σημερινό καθεστώς της Αγ. Σοφίας ως μουσείου μας ικανοποιεί όλους», ταυτόχρονα όμως επισήμαινε ότι «η τελική απόφαση ανήκει στην Τουρκία».
Το θέμα αποτέλεσε αντικείμενο συζήτησης και στη συνάντηση του Πατριάρχη με τον πρόεδρο του Κόμματος των Πρασίνων Τζεμ Οζντεμιρ. Ο τουρκικής καταγωγής Γερμανός πολιτικός τοποθετήθηκε επίσης με σαφήνεια κατά του σχεδίου μετατροπής της Αγ. Σοφίας σε τζαμί, λέγοντας ότι «η Τουρκία δεν στερείται χώρων λατρείας, μάλλον το αντίθετο συμβαίνει» και ότι η μετατροπή θα ήταν «μια χειρονομία ταπεινωτικού χαρακτήρα για τους χριστιανούς, για όλες τις μειονότητες της Τουρκίας». Ο κ. Ετζεμίρ πρόσθεσε πως αν πρόκειται να ξαναλειτουργήσει η Αγ. Σοφία ως χώρος λατρείας, τότε «θα πρέπει όχι μόνον οι μωαμεθανοί αλλά και ο Πατριάρχης να έχει τη δυνατότητα να κάνει λειτουργίες».
Ο Πατριάρχης, ο οποίος έγινε δεκτός με τιμές αρχηγού κράτους στη Γερμανία, συναντήθηκε και με τον πρόεδρο της χώρας Γιόαχιμ Γκάουκ και τον πρόεδρο της Βουλής, Νόρμπερτ Λάμερτ, με τον οποίο συζήτησαν τις θρησκευτικές ελευθερίες και το θέμα της Χάλκης: ο κ. Λάμερτ δήλωσε, μετά τη συνάντηση, ότι «το κλείσιμο της Χάλκης συνιστά ουσιαστική παρεμπόδιση της θρησκευτικής ελευθερίας».