Οι καταστροφικοί σεισμοί στην Αθήνα και τη Νικομήδεια το καλοκαίρι του 1999 αποτέλεσαν το έναυσμα για την ομαλοποίηση των ελληνοτουρκικών σχέσεων, έπειτα από μια αρκετά μεγάλη περίοδο ιδιαίτερα αυξημένης έντασης μεταξύ των δύο χωρών.
Μόλις λίγους μήνες πριν χτυπήσουν οι σεισμοί, τον Ιανουάριο του ίδιου χρόνου, οι σχέσεις αυτές είχαν φθάσει σε νέο ναδίρ όταν η τουρκική ΜΙΤ είχε απαγάγει τον ιδρυτή της κουρδικής οργάνωσης PKK, Αμπντουλάχ Οτσαλάν, από το Ναϊρόμπι όπου είχε διαμείνει στην ελληνική πρεσβεία, κάτι που προκάλεσε την παραίτηση του τότε υπουργού Εξωτερικών Θεόδωρου Πάγκαλου και την αντικατάστασή του από τον Γιώργο Παπανδρέου.
Επιπλέον, η σκιά της κρίσης των Ιμίων του 1996 καθόριζε ακόμη τις ελληνοτουρκικές σχέσεις, επιβαρύνοντας σημαντικά το κλίμα που είχε ήδη διαμορφωθεί έπειτα από δεκαετίες έντασης από την τουρκική εισβολή στην Κύπρο (ενδεικτικά, το 1987).
Παρ’ όλα αυτά, όταν ο σεισμός 7,6 Ρίχτερ χτύπησε τη Νικομήδεια τον Αύγουστο του 1999, αφήνοντας πάνω από 17.000 νεκρούς και εκατοντάδες χιλιάδες ανθρώπους άστεγους, η Ελλάδα ήταν από τις πρώτες χώρες που προσέφεραν βοήθεια. Μέλη της ΕΜΑΚ συμμετείχαν στις προσπάθειες διάσωσης και ο ελληνικός λαός συγκέντρωνε φάρμακα και είδη πρώτης ανάγκης για τους σεισμόπληκτους. Λίγες εβδομάδες αργότερα, ένας σεισμός 5,9 Ρίχτερ χτύπησε και την ελληνική πρωτεύουσα, με 143 ανθρώπους να χάνουν τη ζωή τους.
Η Τουρκία, που είχε δει τους Ελληνες να παραμερίζουν την παραδοσιακή ανταγωνιστική σχέση μεταξύ των δύο χωρών, ανταπέδωσε και έστειλε και αυτή ομάδες διάσωσης.
Πέρα από την ευαισθητοποίηση των κοινωνιών, αλλά και των μέσων μαζικής ενημέρωσης κάθε χώρας, οι σεισμοί αποτέλεσαν και την τελική ώθηση, ύστερα από διάφορες προηγούμενες προσπάθειες, για μια διπλωματική ομαλοποίηση.
Ετσι, τον Δεκέμβριο του 1999 στο Ευρωπαϊκό Συμβούλιο του Ελσίνκι, η Ελλάδα υιοθέτησε μια καινούργια προσέγγιση στις προοπτικές ένταξης της Τουρκίας στην Ευρωπαϊκή Ενωση. Δεν πρόβαλε εμπόδιο σε ένα τέτοιο ενδεχόμενο, αλλά το χρησιμοποίησε τόσο για να ξεκινήσει διαπραγματεύσεις επίλυσης διμερών διαφορών, κυρίως σε θέματα κυριαρχίας, αλλά και για να πετύχει την απεξάρτηση της ενταξιακής διαδικασίας της Κύπρου από την επίλυση του Κυπριακού.
Η βελτίωση στις ελληνοτουρκικές σχέσεις ήταν ριζική. Ο Γιώργος Παπανδρέου εντατικοποίησε τις προσπάθειες του προκατόχου του και ανέπτυξε στενές σχέσεις με τον Τούρκο ομόλογό του Ισμαήλ Τζεμ, με αποκορύφωμα το πολυσυζητημένο ζεϊμπέκικο του Ελληνα υπουργού τον Ιούνιο του 2001.
Σε θεσμικό επίπεδο, εκείνη την περίοδο –και συγκεκριμένα την άνοιξη του 2002– θεσμοθετήθηκαν οι διερευνητικές επαφές μεταξύ Ελλάδας και Τουρκίας, μια κίνηση που επιβεβαίωνε τότε πόσο ριζικά είχε αλλάξει η σχέση μεταξύ των δύο χωρών σε ένα πολύ περιορισμένο χρονικό διάστημα.