Μια πολύ ενδιαφέρουσα και εξαιρετικά χρήσιμη βιοπληροφορική μεθοδολογία, με την οποία είναι δυνατή η ανίχνευση και ταυτοποίηση των διαφορετικών στελεχών του νέου κορωνοϊού (SARS-CοV-2), ανέπτυξε με επιτυχία το Ινστιτούτο Εφαρμοσμένων Βιοεπιστημών (ΙΝΕΒ) του ΕΚΕΤΑ στη Θεσσαλονίκη.
Με βιοπληροφορική ανάλυση του γενετικού υλικού του κορωνοϊού, όπως αυτό ανακτάται από δείγματα λυμάτων, γίνεται δυνατός ο εντοπισμός μεταλλάξεων και της ποικιλίας της γενεαλογίας του SARS-CοV-2.
«Η μεθοδολογία που αναπτύξαμε έχει ήδη δοκιμαστεί με επιτυχία και επιτρέπει την ανίχνευση, ποσοτικοποίηση και συσχέτιση των διαφορετικών μεταλλάξεων του ιού, ακόμα και όταν αυτές εμφανίζονται σε πολύ χαμηλό ποσοστό, κάτω του 1%», λέει στην «Κ» ο κ. Φώτης Ψωμόπουλος, βιοπληροφορικός και ερευνητής του ΙΝΕΒ.
Η παραπέρα ανάλυση των δεδομένων αλληλούχισης DNA νέας γενιάς, όπως προέρχονται από τα αστικά λύματα και μετά την επεξεργασία από το ΑΠΘ, ξεκίνησε από τον Δεκέμβριο του 2020. Στις αρχές Φεβρουαρίου υπήρξε η διαπίστωση πως το αγγλικό στέλεχος του SARS-CοV-2 είχε επικρατήσει στη Θεσσαλονίκη.
«Συνθέτοντας και εξετάζοντας τα θραύσματα του γενετικού υλικού του κορωνοϊού, αξιοποιώντας και την υπολογιστική υποδομή του ΙΝΕΒ, μπορούμε να εντοπίσουμε παλιές ή και νέες διαφοροποιήσεις, που αντιστοιχούν σε γνωστές μεταλλάξεις ή και σε νέες που αναπτύσσονται», εξηγεί ο κ. Φ. Ψωμόπουλος.
Η διαδικασία περιγράφεται από τους ερευνητές σαν να ανιχνεύεις τυπογραφικά λάθη σε μερικά βιβλία που έχουν ανακατευτεί τα κείμενά τους, αναζητώντας επαναλαμβανόμενα λάθη και νέες συνθέσεις.
Οπως σημειώνεται από το ΕΚΕΤΑ, η μέθοδος αυτή προσφέρει ακριβέστερες πληροφορίες για την εξέλιξη της πανδημίας, καθώς βασίζεται σε παρακολούθηση δειγμάτων που προέρχονται από το σύνολο του πληθυσμού –συμπτωματικούς ασθενείς και ασυμπτωματικούς φορείς– μιας συγκεκριμένης αστικής περιοχής.
«Η βιοπληροφορική μεθοδολογία που αναπτύξαμε και η κλινική αποτίμηση αποτελούν δύο συμπληρωματικές διαστάσεις. Μέσω των λυμάτων του γενικού πληθυσμού μπορούμε να εντοπίσουμε μια περιοχή όπου αναπτύσσονται, ιδιαίτερου ενδιαφέροντος, στην οποία στη συνέχεια μπορεί να στοχεύσει πολύ πιο συγκεκριμένα η κλινική αποτίμηση», εξηγεί στην «Κ» ο κ. Ψωμόπουλος.
Σημαντικοί ερευνητικοί φορείς από το εξωτερικό, όπως από το Πανεπιστήμιο της Νότιας Αριζόνας και δημόσια υπηρεσία από την Αγγλία, έχουν έλθει ήδη σε επικοινωνία με το ΙΝΕΒ, προκειμένου να αξιοποιήσουν τη μεθοδολογία για τις δικές τους ανάγκες. Η μελέτη έχει αναρτηθεί στο ανοικτό αποθετήριο δημοσιεύσεων medRxiv, ενώ είναι επίσης ελεύθερα διαθέσιμη μέσω του αποθετηρίου GitHub.