Τον δρόμο για την ολοκλήρωση και λειτουργία του φράγματος της Μεσοχώρας Τρικάλων ανοίγει η απόρριψη, από το Συμβούλιο της Επικρατείας, προσφυγής των κατοίκων του χωριού. Το ΣτΕ έκρινε ότι το οικοσύστημα της περιοχής είναι ήδη βαθιά τροποποιημένο, λόγω της ύπαρξης ακόμη τριών φραγμάτων μετά τη Μεσοχώρα και ότι το έργο είναι σύμφωνο με τον χωροταξικό σχεδιασμό και το σχέδιο διαχείρισης υδάτων. Τέλος, απέρριψε μέρος των επιχειρημάτων της προσφυγής σχετικά με την αξιοπιστία της περιβαλλοντικής μελέτης, επειδή ο προσφεύγων δεν συμμετείχε στη διαδικασία της διαβούλευσης της μελέτης. Η απόφαση, ωστόσο, δεν συνεπάγεται άρση της μακράς νομολογίας του ΣτΕ κατά της εκτροπής του Αχελώου. Ο Σύνδεσμος Ιδιοκτητών Κατακλυζομένου Οικισμού Μεσοχώρας – ο Αχελώος είχε προσφύγει κατά της απόφασης του υπουργείου Περιβάλλοντος με την οποία το 2021 εγκρίθηκαν οι περιβαλλοντικοί όροι για την ολοκλήρωση και τη λειτουργία του φράγματος. Η υπόθεση έχει μακρά προϊστορία: το 1991-1992 εγκρίθηκαν ως κομμάτι του σχεδίου της εκτροπής οι περιβαλλοντικοί όροι των φραγμάτων Μεσοχώρας και Συκιάς, που ακυρώθηκαν από την Ολομέλεια του ΣτΕ το 1994. Ακολούθησε νέα έγκριση περιβαλλοντικών όρων το 1995, πάλι στο πλαίσιο των έργων της εκτροπής, οι οποίοι ακυρώθηκαν το 2000 με απόφαση της Ολομέλειας. Η τρίτη απόπειρα της πολιτείας να προωθήσει το ίδιο έργο έγινε το 2003 και είχε την ίδια τύχη το 2005, ξανά με απόφαση της Ολομέλειας. Κατόπιν η πολιτεία ενέκρινε εκ νέου την αδειοδότηση του έργου απευθείας μέσω νόμου το 2006, η υπόθεση πήγε στο Ευρωδικαστήριο μέσω της αποστολής ερωτημάτων από το ΣτΕ και μετά τις απαντήσεις κατέληξε εκ νέου σε ακύρωση το 2014. Τέλος, το 2017 η πολιτεία αδειοδότησε περιβαλλοντικά μόνο το επίμαχο έργο ως υδροηλεκτρικό (αποκομμένο λειτουργικά και τεχνικά από την εκτροπή), αλλά κι αυτή η απόφαση ακυρώθηκε από το ΣτΕ το 2020, επειδή δεν είχαν ληφθεί υπόψη τα σχέδια διαχείρισης λεκανών απορροής Στερεάς και Θεσσαλίας και το χωροταξικό πλαίσιο της Θεσσαλίας.
Η τελευταία απόφαση του ΣτΕ (144/24 του Ε΄ Τμήματος) ήταν όμως διαφορετική, καθώς το ανώτατο ακυρωτικό δικαστήριο απέρριψε την προσφυγή του συνδέσμου «ο Αχελώος». Στην απόφαση επισημαίνεται ότι το έργο είναι πλέον συμβατό με τον χωροταξικό και πολεοδομικό σχεδιασμό (που μάλιστα προβλέπει ειδικά για τη Μεσοχώρα τη μετεγκατάσταση του μισού οικισμού, περίπου 160 σπίτια) και τα σχέδια διαχείρισης υδάτων. Απορρίπτεται ως αβάσιμο το επιχείρημα ότι ο υπόλοιπος οικισμός της Μεσοχώρας θα εκτεθεί σε κίνδυνο με την πλήρωση του φράγματος με νερό και το επιχείρημα ότι η «μετακίνηση» οικισμών για έργα μεγάλης σημασίας αντίκειται στο Σύνταγμα. Το ΣτΕ επισημαίνει ότι το φράγμα Μεσοχώρας είναι κατασκευασμένο στο σύνολό του την περίοδο 1986-2011. Περαιτέρω, σε συνέχειά του βρίσκονται ακόμη τρία υδροηλεκτρικά έργα από τη ΔΕΗ (φράγματα Κρεμαστών, Καστρακίου και Στράτου). Ως αποτέλεσμα, τόσο ο ρους του Αχελώου όσο και οι εκβολές του έχουν εδώ και δεκαετίες υποστεί σημαντική αλλοίωση, αναφέρει το ΣτΕ, υιοθετώντας την εκτίμηση της ΔΕΗ ότι το φράγμα της Μεσοχώρας δεν θα επιδεινώσει την περιβαλλοντική κατάσταση του ποταμού. Τέλος, μεγάλο ενδιαφέρον έχει ότι το ΣτΕ απέρριψε μέρος των επιχειρημάτων των προσφευγόντων, επειδή δεν κατέθεσαν τις ενστάσεις τους στο υπουργείο Περιβάλλοντος κατά τη διαδικασία της δημόσιας διαβούλευσης των περιβαλλοντικών όρων του έργου. Οι ενστάσεις αυτές αφορούσαν τα στοιχεία και συμπεράσματα της «ειδικής οικολογικής αξιολόγησης» (που γίνεται για έργα σε περιοχές σημαντικές περιβαλλοντικά), ενώ το σωματείο κατέθεσε και μελέτη πανεπιστημιακού, που τεκμηρίωνε ότι η βέλτιστη για την πολιτεία λύση είναι η κατεδάφιση του έργου και η αποκατάσταση της φύσης. «Δεδομένου ότι το αιτούν σωματείο δεν συμμετείχε στη διαβούλευση, όσοι από τους λόγους ακύρωσης αμφισβητούν ευθέως την ουσιαστική και τεχνική κρίση της διοίκησης είναι απαράδεκτοι», αναφέρει. Οπερ «υπαγορεύεται από τη φύση του ακυρωτικού ελέγχου και τη συνακόλουθη αδυναμία του δικαστηρίου να εκφέρει πρωτογενώς ουσιαστική εκτίμηση και μάλιστα επί ζητημάτων τεχνικού και επιστημονικού χαρακτήρα».