Την έντονη αντίδραση του ΚΕΕΛΠΝΟ έχει προκαλέσει το πόρισμα των επιθεωρητών Υγείας σχετικά με την ενημερωτική καμπάνια του οργανισμού για την εποχική γρίπη, το έιτζ, τις μεταρρυθμίσεις του υπ. Υγείας και για τον καρκίνο το διάστημα 2012-2014. Σε έγγραφο του ΚΕΕΛΠΝΟ προς το υπουργείο Υγείας με ημερομηνία 2 Δεκεμβρίου, τονίζεται ότι το πόρισμα εξεδόθη χωρίς να λάβει υπ’ όψιν τις θέσεις του οργανισμού επί των παρατηρήσεων των επιθεωρητών όπως αυτές είχαν διαβιβασθεί τον Νοέμβριο αρμοδίως, ενώ γίνεται λόγος για εσφαλμένη «κριτική σκοπιμότητας και όχι νομιμότητας» που ασκούν οι επιθεωρητές σε πολλά σημεία της έκθεσης ελέγχου. Υπενθυμίζεται ότι στο πόρισμα των επιθεωρητών Υγείας γίνεται λόγος μεταξύ άλλων για αναρμοδιότητα του ΚΕΕΛΠΝΟ να προωθήσει καμπάνιες για μη λοιμώδη νοσήματα ή για τα γενόσημα, ενώ τονίζεται ότι τα τηλεοπτικά μηνύματα θα μπορούσαν να προβληθούν δωρεάν από τα ΜΜΕ στο πλαίσιο των υποχρεώσεών τους. Μάλιστα εκτιμάται από την πλευρά των επιθεωρητών ότι σχεδόν 1,5 εκατ. ευρώ από τα 3 εκατ. που ήταν η δαπάνη για τις καμπάνιες αφορούσε διαφημιστικά μηνύματα που θα μπορούσαν να προβληθούν δωρεάν. Επιπλέον, οι επιθεωρητές στο πόρισμα αναφέρονται σε κατατμήσεις έργων προκειμένου να γίνονται απευθείας αναθέσεις σε διαφημιστικές εταιρείες.
Η απάντηση του ΚΕΕΛΠΝΟ επί των παρατηρήσεων είναι, μεταξύ άλλων, ότι ο οργανισμός από το 2005 είναι αρμόδιος πλέον και για την πρόληψη χρονίων νοσημάτων όπως είναι ο καρκίνος. Ειδικά για το θέμα της προώθησης των γενοσήμων, αναφέρεται ότι προβλέπεται από κοινή υπουργική απόφαση των υπουργών Υγείας και Οικονομικών του 2012.
Οσον αφορά το ζήτημα της δωρεάν μετάδοσης των μηνυμάτων κοινωνικού περιεχομένου από τα ΜΜΕ, το ΚΕΕΛΠΝΟ επισημαίνει ότι, σύμφωνα με το ισχύον θεσμικό πλαίσιο, υπάρχει πληθώρα μηνυμάτων κοινωνικού περιεχομένου που αιτούνται δωρεάν μετάδοση και η σχετική επιλογή γίνεται με κλήρωση, η μετάδοση γίνεται συνήθως σε περιορισμένη ζώνη θεαματικότητας (πρώτες πρωινές ώρες συνήθως) και η προβολή των μηνυμάτων περιορίζεται στη διάρκεια του ενός μηνός, κατά τη διάρκεια του οποίου το μήνυμα θα μεταδοθεί ελάχιστες φορές. Οπως αναφέρεται, «αυτά έχουν ως αποτέλεσμα αφενός μεν τη μικρή απήχηση και αποτελεσματικότητα του μηνύματος στο κοινό και αφετέρου ασήμαντο όφελος για την αναθέτουσα αρχή στην εξυπηρέτηση του δημοσίου συμφέροντος και στην προστασία της δημόσιας υγείας». Επιπλέον, το ΚΕΕΛΠΝΟ αντικρούει τα συμπεράσματα των επιθεωρητών Υγείας για κατάτμηση έργων και απευθείας αναθέσεις, υποστηρίζοντας ότι άθροισαν ετερόκλητα έργα.
Στο έγγραφο που απέστειλε το ΚΕΕΛΠΝΟ στο υπουργείο, οι επιθεωρητές Υγείας κατηγορούνται ότι σε πολλά σημεία της έκθεσης ελέγχου «αναρμοδίως, αβασίμως και εν τέλει εσφαλμένως ασκούν κριτική επί της σκοπιμότητας, ουχί της νομιμότητας των δράσεων του ΚΕΕΛΠΝΟ». Τέλος, το κέντρο αρνείται τις παρατηρήσεις για προβλήματα συνεργασίας υπηρεσιακών παραγόντων του ΚΕΕΛΠΝΟ με τους επιθεωρητές κατά τη διάρκεια του ελέγχου, υποστηρίζοντας ότι «καμία παρακώλυση της ελεγκτικής διαδικασίες δεν έλαβε τόπο από κανέναν υπηρεσιακό παράγοντα του ΚΕΕΛΠΝΟ».