Υψίστης σημασίας για τη χιλιόχρονη ιστορία της Μονής Βατοπεδίου αποτελούν τα νέα ευρήματα στην τράπεζα του καθιδρύματος, τα οποία μπορούν να προσεγγίσουν την παράδοση που θέλει την ίδρυση της αγιορείτικης μονής τον 4ο αιώνα. Τις σπουδαίες αποκαλύψεις έφεραν στο φως ανασκαφές στην τράπεζα που μαρτυρούν προγενέστερες οικοδομικές φάσεις από την ίδρυση της μονής στο τέλος του 10ου αιώνα. Χρονολογούνται στην πρωτοβυζαντινή και στην παλαιοχριστιανική εποχή φωτίζοντας τη μεγάλη ιστορική διαδρομή στην αγιορείτικη πολιτεία.
Η ανασκαφή πραγματοποιήθηκε κατά τη διάρκεια εργασιών για την αποκατάσταση της τράπεζας. Οπως διαπιστώθηκε, ένα παλίμψηστο από κτιριακά κατάλοιπα διατηρούσε τα βαθύτερα στρώματα κάτω από το δάπεδο του 1785 στην τράπεζα. Οι έρευνες ανέδειξαν όλα τα οικοδομικά στρώματα του κτιρίου: τη βυζαντινή μορφή του τέλους του 10ου αιώνα, την επέκτασή της στα τέλη του 12ου αιώνα, ενώ κάτω από τη στάθμη της βυζαντινής τράπεζας εντοπίστηκαν κτιριακά κατάλοιπα πρωτοβυζαντινών χρόνων. «Πιθανότατα σχετίζονται με την παλαιοχριστιανική βασιλική που βρίσκεται κάτω από το καθολικό, μέρος της οποίας είχε αποκαλύψει προ εικοσαετίας ο αρχαιολόγος Ιωακείμ Παπάγγελος. Τα ανασκαφικά ευρήματα επιβεβαιώνουν την αρχική μορφή της βυζαντινής τράπεζας στο πέρασμα των αιώνων από την ίδρυσή της (τέλους του 10ου αιώνα), την επέκτασή της στα τέλη του 12ου αιώνα και τις επισκευές της. Τα παλαιοχριστιανικά ωστόσο κτίσματα συμπορεύονται με την παράδοση για την ίδρυση του αγιορείτικου καθιδρύματος τον 4ο αιώνα», επισημαίνουν ο προϊστάμενος της Εφορείας Αρχαιοτήτων Χαλκιδικής και Αγίου Oρους Γιώργος Σκιαδαρέσης και ο αρχιτέκτονας Πλούταρχος Θεοχαρίδης.
H σημερινή τράπεζα της Μονής Βατοπεδίου, διευκρινίζουν, κτίστηκε το 1785 στα δυτικά του καθολικού, σε θέση όπου προϋπήρχε παλαιότερη. «Eχει σταυρόσχημη κάτοψη, κόγχες στα άκρα των τριών κεραιών του σταυρού και δύο βοηθητικούς χώρους στη βορειοανατολική και νοτιοανατολική γωνία. Οι τοιχογραφίες της φιλοτεχνήθηκαν το 1786 από τον εκ Γαλατίστης μοναχό Μακάριο, ενώ για τον εξοπλισμό της επαναχρησιμοποιήθηκαν τότε τα βυζαντινά μαρμάρινα τραπέζια, προερχόμενα προφανώς από την προγενέστερη τράπεζα».
Στον ίδιο χώρο, κατά τη διάρκεια των ανασκαφών, εντοπίστηκε ένας βυζαντινός κεραμικός κλίβανος εργαστηρίου που δηλώνει την επί τόπου παραγωγή επιτραπέζιων αγγείων (πινάκια, κούπες) για τις καθημερινές ανάγκες της μονής.
Στο καθολικό της ίδιας μονής αποκαλύφθηκε σε μεγάλο βαθμό η χιλιόχρονη ιστορική του διαδρομή με πολλά νέα στοιχεία που επιτρέπουν στους ερευνητές να αναπαραστήσουν την αρχιτεκτονική του μορφή σε διάφορες εποχές από τα τέλη του 10ου έως τον 19ο αιώνα. Από τη μελέτη της στρωματογραφίας των διαδοχικών στεγάσεων προέκυψε και μια κάλυψή της με σχιστόπλακες, η οποία πρέπει να έγινε αμέσως πριν από την τοιχογράφηση του καθολικού, το 1312. Πιθανότατα μετά την επιδρομή των Καταλανών στο Aγιον Ορος το 1309 οπότε ενδέχεται να είχαν κλαπεί τα μολυβδόφυλλα που κάλυπταν τις στέγες. Μια επιπλέον σημαντική διαπίστωση είναι ότι ο τοίχος όπου βρίσκεται η εικόνα της Παναγίας Αντιφωνήτριας ανήκει σε κάποιο κτίριο προγενέστερο της ίδρυσης του καθολικού. Φαίνεται, όπως αναφέρει ο κ. Θεοχαρίδης, οι ιδρυτές της μονής του τέλους του 10ου αιώνα σεβάστηκαν και διατήρησαν τον τοίχο επειδή ίσως άκουγαν τις προφορικές παραδόσεις από τους μοναχούς της περιοχής.